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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e5y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TrmH family RNA methyltransferase from Burkholderia pseudomallei | ||||||
要素 | TrmH family RNA methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / protein knot / deCODE / RNA methyltransferase / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / tRNA methyltransferase activity / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei 305 (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of TrmH family RNA methyltransferase from Burkholderia pseudomallei 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3e5y.cif.gz | 73.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3e5y.ent.gz | 54.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3e5y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1j85S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17773.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 305 (類鼻疽菌) 遺伝子: BURPS305_4843 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4LJP7, UniProt: A0A0E1SBH3*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / pH: 8.5 詳細: PACT sparse matrix screen G10 and H10; 20% PEG 3350, 0.2 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M BisTris propane, pH 7.5 or 8.5; 27.6 mg/mL protein; Crystal ID 109613h10, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: PACT sparse matrix screen G10 and H10; 20% PEG 3350, 0.2 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M BisTris propane, pH 7.5 or 8.5; 27.6 mg/mL protein; Crystal ID 109613h10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 12194 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1J85 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 8.678 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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