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万見
- PDB-3e5q: Unbound Oxidised CprK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e5q
タイトルUnbound Oxidised CprK
要素Cyclic nucleotide-binding protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / CprK / Halorespiration / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic nucleotide-binding protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Levy, C.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of halorespiration control by CprK, a CRP-FNR type transcriptional regulator
著者: Levy, C. / Pike, K. / Heyes, D.J. / Joyce, M.G. / Gabor, K. / Smidt, H. / van der Oost, J. / Leys, D.
履歴
登録2008年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic nucleotide-binding protein
B: Cyclic nucleotide-binding protein
C: Cyclic nucleotide-binding protein
D: Cyclic nucleotide-binding protein
E: Cyclic nucleotide-binding protein
F: Cyclic nucleotide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,3746
ポリマ－170,3746
非ポリマー00
水00
1
A: Cyclic nucleotide-binding protein
B: Cyclic nucleotide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7912
ポリマ－56,7912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
2
C: Cyclic nucleotide-binding protein
D: Cyclic nucleotide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7912
ポリマ－56,7912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
3
E: Cyclic nucleotide-binding protein
F: Cyclic nucleotide-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7912
ポリマ－56,7912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.405, 64.710, 148.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNAA18 - 12618 - 126
21PHEPHEBB19 - 12619 - 126
12ASNASNCC18 - 12618 - 126
22PHEPHEDD19 - 12619 - 126
13ASNASNEE18 - 12618 - 126
23PHEPHEFF19 - 12619 - 126

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Cyclic nucleotide-binding protein / CprK


分子量: 28395.684 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_0678 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18R04, UniProt: B8FW11*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM calcium chloride, 100mM Hepes, PEG 2000 MME, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.2→142.86 Å / Num. all: 19900 / Num. obs: 18436

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→142.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 69.847 / SU ML: 0.572 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.808 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3176 1002 5.2 %RANDOM
Rwork0.25774 ---
obs0.26086 18436 79.75 %-
all-18436 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å2-5.1 Å2
2--6.13 Å20 Å2
3----7.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→142.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9641 0 0 0 9641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0229844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3021.97113271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.79951202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.48623.301418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.627151800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2131565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.21519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3240.26070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3430.26569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4070.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3080.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4911.56225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8529718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.39334179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1834.53553
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A977medium positional0.470.5
2C977medium positional0.490.5
3E976medium positional0.480.5
1A977medium thermal0.952
2C977medium thermal0.842
3E976medium thermal0.782
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 61 -
Rwork0.31 1276 -
obs--74.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60540.32050.43561.424-0.32811.9709-0.12390.4473-0.4479-0.36020.0937-0.34420.53420.04350.0303-0.088-0.2130.233-0.155-0.0276-0.08425.2376-13.7271-47.4687
22.6733-0.22410.01671.916-0.08491.4429-0.0104-0.0591-0.18020.18460.00820.63710.1025-0.72720.0022-0.35090.00570.0818-0.3397-0.0694-0.1319-11.0133-1.41567.5668
33.0699-0.54070.61081.75431.34954.97180.0864-0.1810.9726-0.09580.1533-0.5399-1.34950.3474-0.2398-0.0138-0.03640.1198-0.3446-0.06380.187431.96918.903647.405
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA18 - 14118 - 141
2X-RAY DIFFRACTION1BB19 - 14119 - 141
3X-RAY DIFFRACTION1AA149 - 226149 - 226
4X-RAY DIFFRACTION1BB149 - 226149 - 226
5X-RAY DIFFRACTION2CC18 - 14218 - 142
6X-RAY DIFFRACTION2DD19 - 14119 - 141
7X-RAY DIFFRACTION2CC149 - 226149 - 226
8X-RAY DIFFRACTION2DD149 - 226149 - 226
9X-RAY DIFFRACTION3EE18 - 14218 - 142
10X-RAY DIFFRACTION3FF19 - 14319 - 143
11X-RAY DIFFRACTION3EE149 - 226149 - 226
12X-RAY DIFFRACTION3FF149 - 226149 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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