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万見
- PDB-3e4o: Crystal structure of succinate bound state DctB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e4o
タイトルCrystal structure of succinate bound state DctB
要素C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
キーワードTRANSFERASE / PAS DOMAIN / N-TERM HELICAL DIMERIZATION DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3020 / Signal transduction histidine kinase, DctB (C4-dicarboxylate transport system regulator) / Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3020 / Signal transduction histidine kinase, DctB (C4-dicarboxylate transport system regulator) / Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Helix non-globular / Histidine kinase-like ATPases / Special / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / C4-dicarboxylate transport sensor protein DctB
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhou, Y.F. / Nan, J. / Nan, B.Y. / Liang, Y.H. / Panjikar, S. / Su, X.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: C4-dicarboxylates sensing mechanism revealed by the crystal structures of DctB sensor domain.
著者: Zhou, Y.F. / Nan, B.Y. / Nan, J. / Ma, Q.J. / Panjikar, S. / Liang, Y.H. / Wang, Y.P. / Su, X.D.
履歴
登録2008年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
B: C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9916
ポリマ－66,7062
非ポリマー2854
水3,585199
1
A: C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
ヘテロ分子

A: C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2278
ポリマ－66,7062
非ポリマー5216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
2
B: C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
ヘテロ分子

B: C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7544
ポリマ－66,7062
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1900 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.892, 66.594, 93.602
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB / sensory histidine kinase


分子量: 33352.875 Da / 分子数: 2 / 断片: periplasmic sensor domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: dctB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13633, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FEATURE OF UNIPROT (DCTB_RHIME P13633) SHOWS CONFLICT AT THE POSITION 174: N -> K (IN REF. 5). ...THE FEATURE OF UNIPROT (DCTB_RHIME P13633) SHOWS CONFLICT AT THE POSITION 174: N -> K (IN REF. 5). REFERENCE FOR THE POSITION 309 (K -> N) IS FEMS MICROBIOLOGY LETTERS 14 (1982) 95-99, DEREPRESSION OF RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ACTIVITY IN RHIZOBIUM MELILOTI SUNDARAM S. MANIAN AND FERGAL O'GARA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.6M SODIUM SUCCINATE PH 6.0, 3% TRIFLUROETHANOL, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9760, 0.9799, 0.9796
検出器タイプ: MAR345DTB / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9761
20.97991
30.97961
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 27795 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 14.316 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1299 4.7 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 26441 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20.13 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3890 0 18 199 4107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.995409
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2815506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24321.951164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.82715646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6541547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7161.52621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13124074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83631555
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9684.51335
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.253 1926 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13410.325-0.23983.14790.65411.03870.0789-0.0815-0.00130.1697-0.0293-0.0278-0.03410.0389-0.0496-0.17390.00620.0052-0.15840.033-0.059514.7266.2326.728
21.011-0.06540.03573.25581.51231.9804-0.04610.03640.0314-0.11280.0999-0.02670.03550.1734-0.0538-0.1269-0.0208-0.0319-0.07490.0613-0.060511.21682.52739.577
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA56 - 30849 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2BB56 - 30849 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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