ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
CNS | 1.1 | 精密化 | CBASS | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | SHELXD | | 位相決定 | SHARP | | 位相決定 | ARP/wARP | | モデル構築 |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: None 解像度: 2.04→33.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 91775.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.258 | 320 | 3.1 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.247 | - | - | - |
---|
obs | 0.247 | 10468 | 96.2 % | - |
---|
all | - | 10852 | - | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.0591 Å2 / ksol: 0.377931 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | -6.78 Å2 | 0 Å2 | 0.21 Å2 |
---|
2- | - | 9.02 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -2.24 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | | Free | Obs |
---|
Luzzati coordinate error | 0.34 Å | 0.29 Å |
---|
Luzzati d res low | - | 5 Å |
---|
Luzzati sigma a | 0.26 Å | 0.22 Å |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→33.72 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 1239 | 0 | 0 | 50 | 1289 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d17.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.69 | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 2.04→2.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.055 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.354 | 42 | 2.7 % |
---|
Rwork | 0.291 | 1540 | - |
---|
obs | - | 10852 | 88.7 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | ion.param | X-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.param | | | | |
|
---|