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- PDB-3e0w: Crystal structure of pyruvate kinase from Leishmania mexicana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e0w
タイトルCrystal structure of pyruvate kinase from Leishmania mexicana
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / PYRUVATE / KINASE / NAD+ NADH / ADP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / PEP / GLYCOLYSIS / TRYPANOSOMATID / LEISHMANIA / MEXICANA / Allosteric enzyme / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / cellular response to insulin stimulus / kinase activity / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Tulloch, L.B. / Gillmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Sulphate removal induces a major conformational change in Leishmania mexicana pyruvate kinase in the crystalline state.
著者: Tulloch, L.B. / Morgan, H.P. / Hannaert, V. / Michels, P.A. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2008年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8681
ポリマ－58,8681
非ポリマー00
水1,35175
1
A: Pyruvate kinase

A: Pyruvate kinase

A: Pyruvate kinase

A: Pyruvate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,4714
ポリマ－235,4714
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation18_554-x+1/2,z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation19_555-x+1/2,-z+1/2,-y+1/21
Buried area10960 Å2
ΔGint-47.3 kcal/mol
Surface area77820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.551, 184.551, 184.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232

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要素

#1: タンパク質 Pyruvate kinase / PK


分子量: 58867.770 Da / 分子数: 1 / 変異: E452W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
遺伝子: PYK / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27686, pyruvate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% Saturated ammonium sulphate, 100mM Na citrate, pH 4.2 (soaked in 40% Saturated ammonium sulphate, 100mM NaCl, pH 4.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→40.3 Å / Num. obs: 19992 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.378

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PKL, chain G

1pkl


解像度: 3.1→40.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 37.853 / SU ML: 0.321 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 995 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs-19964 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 102.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3698 0 0 75 3773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0521.9525082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4125483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15624.731167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.16815649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8341524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.39722462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76333886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9714.51420
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.66961196
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 74 -
Rwork0.319 1265 -
obs--92.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3835-1.1576-0.93414.1427-0.27634.45570.42690.68830.3872-0.1599-0.40190.451-0.1101-0.1103-0.025-0.56360.14610.290.00870.6133-0.1363.257775.128428.6586
210.86760.5428-3.96157.3808-1.64758.5261-0.27780.13940.61110.12760.0417-0.0217-0.16020.77310.236-0.30030.03940.3779-0.30240.2916-0.078748.990578.67153.5683
33.4639-1.7993-0.02935.5184-0.826511.39-0.27230.35580.1189-0.2976-0.1113-0.08570.32940.55140.3835-0.4530.12710.29460.20150.71910.075673.106683.12167.6283
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 8848 - 129
2X-RAY DIFFRACTION1AA187 - 357228 - 398
3X-RAY DIFFRACTION2AA89 - 186130 - 227
4X-RAY DIFFRACTION3AA358 - 498399 - 539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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