PDB-3e0r: Crystal structure of cppA protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e0r

タイトル

Crystal structure of cppA protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4

要素

C3-degrading proteinase (CppA protein)

キーワード

HYDROLASE / cppA / C3-degrading proteinase / MCSG / PSI / SAD / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

C3-degrading proteinase like domains / CppA, N-terminal / CppA, C-terminal / CppA N-terminal / CppA C-terminal / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Nocek, B. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of cppA protein from Streptococcus pneumoniae TIGR4
著者: Nocek, B. / Mulligan, R. / Abdullah, S. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e0r.cif.gz	214.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e0r.ent.gz	175.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3u0i-1 2asf-1 5dmv-d 2zdo-1 6om5-d 4d2o-2 4x42-2 4fnh-d 3lgn-d 5whb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc80508

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: apc80508

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C3-degrading proteinase (CppA protein)

B: C3-degrading proteinase (CppA protein)

C: C3-degrading proteinase (CppA protein)

D: C3-degrading proteinase (CppA protein)

ヘテロ分子

112 kDa, 4 ポリマー
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1

A: C3-degrading proteinase (CppA protein)

ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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2

B: C3-degrading proteinase (CppA protein)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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3

C: C3-degrading proteinase (CppA protein)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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4

D: C3-degrading proteinase (CppA protein)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	114.742, 130.741, 91.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

authors state that the biological assembly is currently unknown

#1: タンパク質	C3-degrading proteinase (CppA protein) 分子量: 27984.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: cppA, SP_1449 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X4I9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.01M sodium citrate 33% PEG 6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月9日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 63993 / Num. obs: 62250 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
Coot		モデル構築
MLPHARE		位相決定
PHENIX		位相決定
REFMAC		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 12.716 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25632	3064	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18934	-	-	-
all	0.1922	60080	-	-
obs	0.19277	57016	97.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.228 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7602	0	1	549	8152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	7773
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.984	10496
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.007	3	13137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.571	5	951
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.115	25.472	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.961	15	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.796	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	5497
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	3566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.269	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.286	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.005	1.5	5823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.188	1.5	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.291	2	7694
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.204	3	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.077	4.5	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	214	-
R_work	0.23	3782	-
obs	-	-	88.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8252	3.1577	0.0283	3.6417	0.6488	3.3904	-0.0695	0.1743	0.4353	-0.0905	-0.2568	-0.2513	-0.4291	0.2611	0.3262	0.1305	0.0738	0.0194	0.0921	-0.0393	0.0553	15.1431	13.1974	83.1193
2	9.854	6.4444	-6.6309	15.7709	-3.7267	24.7066	0.267	-0.2672	-0.2629	0.5701	0.2636	-0.2781	0.4094	-0.9384	-0.5306	0.1488	-0.1603	-0.1632	0.2854	0.0913	0.0078	17.8805	8.5946	103.5484
3	17.5478	4.0814	0.5725	5.159	2.6691	3.1124	0.4356	-1.0772	-0.0476	0.8721	-0.2259	0.2394	0.1322	-0.0087	-0.2097	0.2116	-0.0665	0.0358	0.0772	0.0134	0.083	11.4992	15.9668	100.7088
4	71.1884	-20.3825	18.8558	5.8359	-5.3987	4.9944	-2.8708	-0.4383	-4.6887	3.7755	2.3202	2.0612	1.9912	0.3617	0.5505	1.1868	0.2634	0.0115	0.4542	-0.0321	0.6612	10.8499	3.4122	94.5866
5	10.6052	-0.6176	-0.7465	5.3709	-0.6076	0.132	-0.1555	0.0505	0.2082	0.4472	-0.0713	0.2277	-0.0303	-0.0536	0.2268	0.1473	-0.0257	0.0179	0.0971	-0.0329	0.0522	8.759	12.8835	91.9633
6	6.51	1.2149	0.2434	2.7871	1.2532	1.9736	0.4228	-0.1797	-0.4723	0.3573	-0.2692	-0.4615	0.1923	0.1567	-0.1536	0.1862	-0.0804	-0.0753	0.0513	0.0128	0.0366	25.8898	13.5017	93.9798
7	14.9773	3.8705	-1.5343	5.7719	2.0048	4.785	0.096	-1.4656	0.8034	0.6178	-0.4899	0.5277	-0.1153	-0.1865	0.3939	0.1569	-0.0303	0.1232	0.0694	-0.2081	0.2111	11.6398	27.9574	102.6209
8	5.3951	0.9858	0.622	4.1317	2.234	2.0455	0.1335	-0.692	0.7793	0.0731	-0.1835	-0.0635	-0.1874	-0.1464	0.0501	0.1409	-0.086	0.0437	0.0429	-0.0902	0.133	18.219	27.3531	97.8094
9	9.5594	8.4353	0.1143	12.8737	11.6228	24.448	-1.0385	0.6229	2.2297	-1.7871	0.1307	0.1588	-1.7136	-0.0677	0.9078	-0.0294	-0.0379	-0.0409	-0.1612	0.0526	0.615	16.4591	35.6054	92.5229
10	15.1128	2.1013	-1.8874	6.8114	-0.2231	5.3273	0.5906	-2.3479	2.0127	1.2806	-1.1404	1.185	-0.2825	-0.0309	0.5498	0.4551	-0.0862	0.1837	0.2927	-0.3344	0.3102	7.535	29.6307	106.0016
11	9.244	-0.9629	-6.1122	2.7911	1.0569	5.5972	0.0771	0.2545	0.0203	-0.1856	-0.0039	-0.0132	-0.4312	0.2829	-0.0732	0.0556	-0.11	-0.0637	0.1028	0.0097	0.0731	23.3644	20.5148	84.2403
12	8.2416	-11.4587	-4.9055	16.565	5.0148	8.0643	0.3311	1.2918	0.38	-1.1949	-0.6409	-0.0194	-1.5635	-0.5028	0.3099	0.2389	-0.05	0.018	0.1669	-0.0016	0.0601	21.4657	19.8294	76.0368
13	3.4178	2.2941	-0.1453	11.4603	-6.1488	6.6096	-0.0508	0.0539	-0.7062	-0.0425	0.1192	-1.0507	-0.2423	0.4031	-0.0684	0.0145	-0.0646	-0.0218	0.0302	-0.0563	0.2193	32.3433	13.4647	87.9266
14	1.8102	1.3706	-0.6839	4.2187	0.9551	0.9405	0.1714	-0.0035	0.0455	-0.4713	-0.2164	-0.113	-0.1311	-0.4184	0.045	0.199	-0.0076	-0.0115	0.1316	-0.032	0.086	15.7874	9.5588	76.986
15	5.2588	5.0075	0.9128	10.8251	0.5713	6.4817	0.1698	0.1615	-0.0961	0.1724	-0.0058	-0.351	-0.2445	0.5967	-0.1639	0.057	0.0014	0.0009	0.0925	-0.0434	0.046	20.7616	2.7353	72.894
16	13.6816	2.3937	0.8977	4.2742	0.7965	3.0194	0.2314	0.3395	-0.0732	0.0479	-0.03	-0.0744	-0.2094	0.1149	-0.2013	0.1223	-0.0116	0.0453	0.0376	-0.0694	0.0665	19.9863	8.3891	79.172
17	6.1349	-2.1772	-5.043	3.5986	1.2228	6.9494	0.1119	-0.1563	-0.6535	-0.2171	-0.4828	0.2666	-0.054	0.1064	0.3709	0.1514	-0.0839	-0.0848	0.0559	-0.0032	0.061	41.5522	48.396	37.6623
18	11.1278	-4.8578	0.3522	5.2411	-3.7621	10.0036	-0.138	-0.514	0.2151	1.1115	0.1738	-0.2104	-1.0266	0.1274	-0.0358	0.2506	-0.1623	-0.0069	0.0789	-0.0229	0.0101	33.8109	51.725	59.3407
19	6.6253	-0.1127	1.3098	2.8034	2.6714	2.849	-0.1718	-0.3798	-0.0874	0.4437	-0.083	-0.5892	-0.9231	0.1696	0.2548	0.3214	-0.1625	-0.0698	0.2032	-0.0059	0.0287	41.5963	51.8998	56.1485
20	8.5266	-2.0852	-0.8418	10.5174	-2.1457	0.6357	-0.2726	-0.4847	-0.4187	-0.0692	0.2041	-0.4303	0.2355	-0.1395	0.0685	0.0905	-0.1072	-0.0493	0.15	0.0319	0.09	45.0386	47.0152	51.3014
21	35.318	-3.5254	0.813	4.783	1.326	5.7282	-0.0849	-0.6204	2.3108	0.7106	0.0771	0.0962	-1.0891	-0.0084	0.0078	0.3299	-0.0486	0.0929	-0.0624	0.0028	0.0645	27.4216	59.05	51.4566
22	3.8221	-2.3539	1.9007	6.9955	-2.8008	4.4795	0.0519	-0.0758	-0.1585	0.3359	-0.12	-0.1138	0.1348	-0.1555	0.0681	0.049	-0.1753	0.0236	0.071	-0.0017	0.0323	33.5458	38.0407	52.0122
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2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	16 - 23	19 - 26
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	24 - 33	27 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	34 - 40	37 - 43
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	41 - 54	44 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	55 - 78	58 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	79 - 96	82 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	97 - 119	100 - 122
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	120 - 130	123 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	131 - 146	134 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	147 - 161	150 - 164
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	162 - 174	165 - 177
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	175 - 191	178 - 194
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	192 - 207	195 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	208 - 230	211 - 233
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	231 - 240	234 - 243
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	2 - 14	5 - 17
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	15 - 26	18 - 29
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	27 - 40	30 - 43
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	41 - 52	44 - 55
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	53 - 65	56 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	66 - 89	69 - 92
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	90 - 95	93 - 98
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	96 - 102	99 - 105
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	103 - 131	106 - 134
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	132 - 146	135 - 149
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	147 - 166	150 - 169
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	167 - 187	170 - 190
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	188 - 200	191 - 203
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	201 - 212	204 - 215
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	213 - 230	216 - 233
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	231 - 240	234 - 243
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	C	4 - 25	7 - 28
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	C	26 - 37	29 - 40
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	C	38 - 55	41 - 58
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	C	56 - 76	59 - 79
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	C	77 - 90	80 - 93
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	C	91 - 103	94 - 106
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	C	104 - 119	107 - 122
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	C	120 - 131	123 - 134
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	C	132 - 143	135 - 146
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	C	144 - 160	147 - 163
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	C	161 - 169	164 - 172
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	C	170 - 194	173 - 197
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	C	195 - 210	198 - 213
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	C	211 - 228	214 - 231
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	C	229 - 235	232 - 238
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	C	236 - 240	239 - 243
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	D	2 - 24	5 - 27
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	D	25 - 37	28 - 40
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	D	38 - 65	41 - 68
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	D	66 - 71	69 - 74
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	D	72 - 85	75 - 88
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	D	86 - 94	89 - 97
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	D	95 - 103	98 - 106
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	D	104 - 120	107 - 123
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	D	121 - 144	124 - 147
58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	D	145 - 158	148 - 161
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61	X-RAY DIFFRACTION	61	D	D	174 - 192	177 - 195
62	X-RAY DIFFRACTION	62	D	D	193 - 209	196 - 212
63	X-RAY DIFFRACTION	63	D	D	210 - 224	213 - 227
64	X-RAY DIFFRACTION	64	D	D	225 - 240	228 - 243

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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