PDB-3e0k: Crystal structure of C-termianl domain of N-acetylglutamate synth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e0k

タイトル

Crystal structure of C-termianl domain of N-acetylglutamate synthase from Vibrio parahaemolyticus

要素

Amino-acid acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Vibrio parahaemolyticus / N-acetylglutamate synthase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Acyltransferase / Amino-acid biosynthesis / Arginine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

amino-acid N-acetyltransferase / L-glutamate N-acetyltransferase activity / L-arginine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Chang, C. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of C-termianl domain of N-acetylglutamate synthase from Vibrio parahaemolyticus
著者: Chang, C. / Shackelford, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e0k.cif.gz	44.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e0k.ent.gz	31.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3m5a-d 4zcd-2 4c8a-2 5vcw-1 1zye-4 1zye-3 5ylt-d 1xsr-d 3s95-2 1qso-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61276.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Amino-acid acetyltransferase

ヘテロ分子

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amino-acid acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Amino-acid acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.232, 64.232, 112.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Amino-acid acetyltransferase / N-acetylglutamate synthase / AGS / NAGS 分子量: 17290.406 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 298-445 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: argA, VP2371 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q87M87, amino-acid N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.41 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 1% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→50 Å / Num. all: 8509 / Num. obs: 8366 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / B_iso Wilson estimate: 67.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / R_sym value: 0.317 / Net I/σ(I): 2.43
反射シェル	解像度: 2.52→2.54 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique all: 197 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.52→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 16.927 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25447	389	4.7 %	RANDOM
R_work	0.21512	-	-	-
all	0.21684	8351	-	-
obs	0.21684	8351	98.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1164	0	13	51	1228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.976	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.948	5	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.382	23.833	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.776	15	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.55	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.64	1.5	751
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.11	2	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.425	3	512
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.091	4.5	459
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.521→2.586 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	26	-
R_work	0.312	574	-
obs	-	600	99.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.0405	-5.9008	-1.2685	6.7416	-0.7823	5.9387	-0.4634	-0.6629	-0.7477	0.5711	0.5543	0.4268	0.212	-0.117	-0.0909	0.0668	-0.0196	0.0538	-0.0383	-0.1001	-0.0587	18.3553	38.5834	67.7308
2	5.4759	-3.5569	-4.3847	4.259	4.1228	6.3794	0.2	0.0738	0.3023	-0.099	-0.0058	-0.0935	-0.2368	-0.0564	-0.1942	0.0454	-0.0648	0.0484	-0.0306	-0.0445	-0.0525	19.402	40.8877	58.4493
3	16.1938	-5.0015	-13.2938	4.8959	5.2802	14.0838	0.8337	0.0309	0.7468	-0.8002	-0.3151	-0.2698	-1.1278	-0.0757	-0.5186	0.2441	-0.029	0.0673	-0.067	0.0078	0.0117	17.069	45.4871	52.4711
4	3.7457	-1.9528	2.9874	3.9499	-2.5246	6.5119	0.1231	-0.1279	-0.2535	-0.2699	0.1822	0.5672	-0.0966	-0.4396	-0.3052	-0.0499	-0.0178	0.0788	-0.0245	-0.0888	-0.0397	18.658	28.7816	52.0781
5	6.0546	-6.3245	3.7175	10.8448	0.9206	12.3752	0.2851	-1.0982	-0.3219	0.9087	0.0316	0.0035	1.2943	0.0494	-0.3167	0.2098	-0.0505	-0.087	0.2139	-0.1093	0.2389	25.0899	23.3092	50.379

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	298 - 337
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	338 - 374
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	375 - 397
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	398 - 419
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	436 - 445
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	420 - 434

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)