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- PDB-3e0f: Crystal structure of a putative metal-dependent phosphoesterase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e0f
タイトルCrystal structure of a putative metal-dependent phosphoesterase (bad_1165) from bifidobacterium adolescentis atcc 15703 at 2.40 A resolution
要素Putative Metal-dependent Phosphoesterase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #650 / : / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / DNA polymerase; domain 1 / TIM Barrel ...DNA polymerase; domain 1 - #650 / : / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / DNA polymerase; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / PHOSPHATE ION / Polymerase/histidinol phosphatase N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a metal-dependent phosphoesterase (YP_910028.1) from Bifidobacterium adolescentis: Computational prediction and experimental validation of phosphoesterase activity.
著者: Han, G.W. / Ko, J. / Farr, C.L. / Deller, M.C. / Xu, Q. / Chiu, H.J. / Miller, M.D. / Sefcikova, J. / Somarowthu, S. / Beuning, P.J. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. ...著者: Han, G.W. / Ko, J. / Farr, C.L. / Deller, M.C. / Xu, Q. / Chiu, H.J. / Miller, M.D. / Sefcikova, J. / Somarowthu, S. / Beuning, P.J. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A. / Ondrechen, M.J.
履歴
登録2008年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Metal-dependent Phosphoesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2917
ポリマ－32,8651
非ポリマー4266
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.460, 102.460, 54.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative Metal-dependent Phosphoesterase


分子量: 32864.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 (バクテリア)
遺伝子: YP_910028.1, BAD_1165 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A1A2L3

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非ポリマー , 5種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.0200M CaCl2, 30.0000% MPD, 0.1M Acetate pH 4.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月26日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.579 Å / Num. obs: 12857 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.482 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.490.5252.796952601199.3
2.49-2.580.4823.8114072262199.4
2.58-2.70.3885145512539199.8
2.7-2.840.36.1139442425199.8
2.84-3.020.2197.8145262517199.6
3.02-3.250.16310143152482199.9
3.25-3.580.11813.1144972518199.8
3.58-4.090.08117141872464199.9
4.09-5.140.06719.7143672494199.8
5.14-29.5790.05621.9146302541199.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.579 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 12.405 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.221
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. (4). THE PRESENCE OF ZINC AND IRON WERE CONFIRMED BY X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION AND WAVELENGTH SCANS. THE METAL IDENTITY AT THE INDIVIDUAL ZN AND FE SITES WAS BASED ON ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP COMPARISONS WITH DATA COLLECTED ABOVE AND BELOW THE FOLLOWING K ABSORPTION EDGES: FE AND ZN. (5). AN ACETATE (ACT) ION WAS MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITION. (6). PO4 IONS WERE MODELED BASED ON THE ELECTRON DENSITY, COORDINATION GEOMETRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 626 4.9 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.152 12839 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20.48 Å20 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.579 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2154 0 17 103 2274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9513101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94333618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9065297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64123.529102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.43515352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6461520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.21593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.180.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.12231572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4363594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.08752344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5578871
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6311757
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 44 -
Rwork0.187 906 -
all-950 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.9331 Å / Origin y: 28.6887 Å / Origin z: 7.3071 Å
111213212223313233
T-0.0501 Å20.0289 Å2-0.017 Å2--0.0405 Å2-0.0057 Å2---0.0636 Å2
L0.7815 °2-0.3269 °2-0.0096 °2-1.0759 °20.3056 °2--0.7446 °2
S0.0423 Å °0.0296 Å °-0.0728 Å °-0.0341 Å °-0.052 Å °0.0978 Å °0.0504 Å °-0.0102 Å °0.0097 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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