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万見
- PDB-3e0d: Insights into the Replisome from the Crystral Structure of the Te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e0d
タイトルInsights into the Replisome from the Crystral Structure of the Ternary Complex of the Eubacterial DNA Polymerase III alpha-subunit
要素
  • DNA polymerase III subunit alpha
  • DNA substrate primer strand
  • DNA substrate template strand
キーワードTRANSFERASE/DNA / OB fold / nucleotidyl transferase / polymerase / beta barrel / Cytoplasm / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / Nucleotidyltransferase / Transferase / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA replication / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain ...Bacterial DNA polymerase III alpha subunit, thumb domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase III subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Wing, R.A. / Bailey, S. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Insights into the Replisome from the Structure of a Ternary Complex of the DNA Polymerase III alpha-Subunit.
著者: Wing, R.A. / Bailey, S. / Steitz, T.A.
履歴
登録2008年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA substrate template strand
D: DNA substrate primer strand
E: DNA substrate template strand
F: DNA substrate primer strand
A: DNA polymerase III subunit alpha
B: DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,68810
ポリマ－304,6266
非ポリマー1,0634
水00
1
C: DNA substrate template strand
D: DNA substrate primer strand
A: DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,8445
ポリマ－152,3133
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA substrate template strand
F: DNA substrate primer strand
B: DNA polymerase III subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,8445
ポリマ－152,3133
非ポリマー5312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.546, 149.546, 163.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: DNA鎖 DNA substrate template strand


分子量: 8287.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA substrate primer strand


分子量: 6411.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DNA polymerase III subunit alpha / E.C.2.7.7.7


分子量: 137614.391 Da / 分子数: 2 / Mutation: D20N, D212N, I539F, Q540E, V541A, V542E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: dnaE / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XDH5, DNA-directed DNA polymerase
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16 - 21% PEG 400, 100 mM CaCl2, 100 mM HEPES, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.15K
PH範囲: 6.9 - 7.2
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2CaCl211
3HEPES11
4H2O11
5PEG 40012
6CaCl212
7HEPES12
8H2O12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
2771
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11
シンクロトロンAPS 24-ID-C21
検出器
ID検出器日付
1CCD2007年3月9日
2CCD2007年3月9日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21
反射最高解像度: 4.6 Å / Num. obs: 20097
反射 シェル最高解像度: 4.6 Å

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.6→50 Å
詳細: Some peptide bond distances are outside the normal range. The data in the structure factor file are twinned. Twinning operator= k, h, -l twinning fraction= 0.45
Rfactor反射数
Rfree0.271 -
Rwork0.287 -
obs-20097
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18336 1584 62 0 19982

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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