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- PDB-3e00: Intact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3
タイトルIntact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bound with GW9662, 9-cis Retinoic Acid and NCOA2 Peptide
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3')
  • NCOA2 Peptide
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTranscription/DNA / DNA-binding / Host-virus interaction / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger / Activator / Diabetes mellitus / Disease mutation / Obesity / Phosphoprotein / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway ...retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / Signaling by Retinoic Acid / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / locomotor rhythm / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / aryl hydrocarbon receptor binding / nuclear steroid receptor activity / R-SMAD binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of glucose metabolic process / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Synthesis of bile acids and bile salts / white fat cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cell fate commitment / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of bone mineralization / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / transcription regulator inhibitor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / : / positive regulation of adipose tissue development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / nuclear receptor binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription coregulator binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Nuclear receptor coactivator 2 ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / : / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(9cis)-retinoic acid / 2-chloro-5-nitro-N-phenylbenzamide / DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chandra, V. / Huang, P. / Hamuro, Y. / Raghuram, S. / Wang, Y. / Burris, T.P. / Rastinejad, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of the intact PPAR-gamma-RXR- nuclear receptor complex on DNA.
著者: Chandra, V. / Huang, P. / Hamuro, Y. / Raghuram, S. / Wang, Y. / Burris, T.P. / Rastinejad, F.
履歴
登録2008年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月16日Group: Database references
改定 1.32016年11月16日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')
F: DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3')
G: NCOA2 Peptide
E: NCOA2 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,04112
ポリマ－115,2026
非ポリマー8396
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12740 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area36860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.585, 146.775, 67.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Retinoid X receptor alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1


分子量: 51527.863 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 11-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR2B1, RXRA, RXRalpha / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 48163.645 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 102-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1C3, PPARG, PPARgamma / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CF

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')


分子量: 6176.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3')


分子量: 6090.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 GE

#5: タンパク質・ペプチド NCOA2 Peptide


分子量: 1621.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: Q15596

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid


分子量: 300.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2
#8: 化合物 ChemComp-GW9 / 2-chloro-5-nitro-N-phenylbenzamide


分子量: 276.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9ClN2O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15-18% PEG 3350, 25mM MgCl2, 100mM NH4Cl, 5mM DTT and 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2MES11
3MgCl212
4MES12
5PEG 335012
6NH4Cl12
7DTT12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 20098 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.006
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Num. unique all: 1843 / Χ2: 0.933 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→46.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1823 9.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs-18669 92.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.87 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 88.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.94 Å20 Å214.57 Å2
2--3.22 Å20 Å2
3----14.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.77 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5385 814 45 0 6244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 250 9.8 %
Rwork0.34 2289 -
obs-2539 75.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4rea.par
X-RAY DIFFRACTION5gw9.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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