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万見
- PDB-3dzt: AeD7-leukotriene E4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dzt
タイトルAeD7-leukotriene E4 complex
要素D7 protein
キーワードOdorant-binding protein / all-helical / secreted / Allergen
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / regulation of defense response to virus / IgE binding / vasodilation / sensory perception of smell / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EAH / Long form salivary protein D7L1
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Andersen, J.F. / Calvo, E. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Multifunctionality and mechanism of ligand binding in a mosquito antiinflammatory protein
著者: Calvo, E. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.
履歴
登録2008年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年3月31日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D7 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8727
ポリマ－35,1181
非ポリマー7546
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.567, 65.307, 52.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 D7 protein / Allergen Aed a 2


分子量: 35117.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: D7 / プラスミド: VR2001 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18153

-
非ポリマー , 5種, 356分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EAH / (5S,7E,9E,11Z,14Z)-5-hydroxyicosa-7,9,11,14-tetraenoic acid


分子量: 320.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16-20 % PEG 6000, 0.1 M Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97902 Å
検出器タイプ: MAR225 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月21日 / 詳細: Si-111
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 28456 / Num. obs: 28456 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.259
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 10.25 / Num. unique all: 2807 / Χ2: 1.044 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
FFTdifference fourier位相決定
精密化解像度: 1.8→32.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.887 / SU B: 4.189 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1438 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.162 28439 99.37 %-
all-28439 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.51 Å2 / Biso mean: 21.087 Å2 / Biso min: 8.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å2-0.74 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 50 350 2823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9753409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8915300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.40225.433127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.52515467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6931510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21757
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9021.51539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4122422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47231126
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8724.5985
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 111 -
Rwork0.169 1909 -
all-2020 -
obs--96.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.7044 Å / Origin y: 3.9958 Å / Origin z: 12.6842 Å
111213212223313233
T-0.0627 Å20.0007 Å20.0153 Å2--0.0633 Å20.0015 Å2---0.0352 Å2
L0.7793 °20.0012 °20.6556 °2-0.446 °20.2303 °2--1.9017 °2
S-0.0045 Å °0.1074 Å °0.0082 Å °-0.0106 Å °-0.0201 Å °0.015 Å °-0.0419 Å °0.1279 Å °0.0247 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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