PDB-3dy9: Crystal structure of AeD7 potassium bromide soak

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dy9

タイトル

Crystal structure of AeD7 potassium bromide soak

要素

D7 protein

キーワード

odorant-binding protein / all-helical / secreted / Allergen

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / regulation of defense response to virus / IgE binding / vasodilation / sensory perception of smell / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Calvo, E. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Multifunctionality and mechanism of ligand binding in a mosquito antiinflammatory protein
著者: Calvo, E. / Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2008年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年3月31日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_site Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dy9.cif.gz	88.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dy9.ent.gz	63.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/3dy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/3dy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dxlC 3dyeC 3dztC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dzt-d 3dxl-d 3cv3-d 3kxy-4 3rhu-d 3gq5-d 4oti-d 5ycz-d 3nhi-d 2zhs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: D7 protein

ヘテロ分子

36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.757, 66.062, 52.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.270, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	D7 protein / Allergen Aed a 2 分子量: 35117.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 株: Liverpool / 遺伝子: D7 / プラスミド: VR2001 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18153
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16-20% PEG-6000, 0.1 M Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91959 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日

放射

モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91959 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.7 % / Av σ(I) over netI: 8.9 / 数: 304841 / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.62 / D res high: 1.62 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 39739 / % possible obs: 98.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.49	50	99.9	1	0.051	3.221	8.2
2.77	3.49	100	1	0.066	2.414	8.3
2.42	2.77	100	1	0.084	1.675	8.4
2.2	2.42	100	1	0.098	1.425	8.4
2.04	2.2	100	1	0.132	1.334	8.4
1.92	2.04	100	1	0.197	1.199	8.4
1.82	1.92	100	1	0.306	1.14	8.3
1.75	1.82	99.8	1	0.415	1.089	7.6
1.68	1.75	98.5	1	0.5	1.097	6.1
1.62	1.68	85.7	1	0.576	1.075	4.1

反射

解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 39739 / Num. obs: 39739 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 1.625 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3434 / Χ²: 1.075 / % possible all: 85.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.8 Å / D res low: 48.11 Å / FOM : 0.239 / FOM acentric: 0.249 / FOM centric: 0 / 反射: 29558 / Reflection acentric: 28375 / Reflection centric: 1183

Phasing MAD set

R cullis acentric: 1.91 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 48.11 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 28375 / Reflection centric: 1183

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
11.41-48.11	1.63	0.2	0.1	97	26
6.47-11.41	1.88	0.2	0.1	475	62
4.52-6.47	1.81	0.2	0.1	1168	98
3.47-4.52	1.2	0.1	0.1	2136	130
2.82-3.47	1.39	0.1	0.1	3432	167
2.37-2.82	1.98	0.1	0	5036	198
2.05-2.37	2.78	0	0	6922	231
1.8-2.05	11.69	0	0	9109	271

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z
1	Br	25.03469	0.873	0.951	0.318
2	Br	39.29236	0.932	0.81	-0.015
3	Br	29.38794	1.085	0.736	0.319
4	Br	25.71245	0.771	0.877	-0.377
5	Br	31.06869	0.699	1.013	0.269
6	Br	32.64594	0.469	1.144	0.078
7	Br	24.1915	0.426	1.143	-0.094
8	Br	28.01729	1.139	0.724	-0.073

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
11.41-48.11	0.353	0.448	123	97	26
6.47-11.41	0.419	0.474	537	475	62
4.52-6.47	0.433	0.469	1266	1168	98
3.47-4.52	0.408	0.433	2266	2136	130
2.82-3.47	0.369	0.387	3599	3432	167
2.37-2.82	0.297	0.309	5234	5036	198
2.05-2.37	0.198	0.204	7153	6922	231
1.8-2.05	0.109	0.112	9380	9109	271

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-3000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→38.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.712 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	1742	5 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.177	34926	99.6 %	-
all	-	39739	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.82 Å² / B_iso mean: 24.596 Å² / B_iso min: 6.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	-0.62 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2423	0	40	475	2938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	1.971	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.096	5	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.545	25.504	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.611	15	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.862	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.834	1.5	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.33	2	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.197	3	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.507	4.5	976

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	122	-
R_work	0.249	2364	-
all	-	2486	-
obs	-	-	95.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.4697 Å / Origin y: 4.67 Å / Origin z: 12.3334 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1526 Å²	0.0008 Å²	0.0089 Å²	-	-0.1507 Å²	0.0004 Å²	-	-	-0.1358 Å²
L	0.3234 °²	0.031 °²	0.3863 °²	-	0.2309 °²	0.1685 °²	-	-	1.183 °²
S	-0.0002 Å °	0.0091 Å °	0.0023 Å °	-0.0131 Å °	-0.013 Å °	-0.0073 Å °	-0.0416 Å °	-0.0071 Å °	0.0132 Å °

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