PDB-3dzm: Crystal structure of a major outer membrane protein from Thermus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dzm

タイトル

Crystal structure of a major outer membrane protein from Thermus thermophilus HB27

要素

Hypothetical conserved protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / OMP / Thermus thermophilus HB27 / beta-barrel / TtoA

機能・相同性

outer membrane protein from Thermus thermophilus HB27. / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / metal ion binding / Hypothetical conserved protein

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Brosig, A. / Diederichs, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a major outer membrane protein from Thermus thermophilus HB27
著者: Brosig, A. / Nesper, J. / Boos, W. / Welte, W. / Diederichs, K.

履歴

登録	2008年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dzm.cif.gz	253.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dzm.ent.gz	209.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dzm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dzm_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dzm_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3dzm_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	3dzm_validation.cif.gz	41.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/3dzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/3dzm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4bxv-d 4it6-d 3ggz-2 2o2t-d 4pou-d 1nz0-11 6sus-d 2h1g-d 5e5m-3 3ggz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical conserved protein

B: Hypothetical conserved protein

C: Hypothetical conserved protein

ヘテロ分子

70.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypothetical conserved protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hypothetical conserved protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Hypothetical conserved protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Hypothetical conserved protein

B: Hypothetical conserved protein

C: Hypothetical conserved protein

ヘテロ分子

A: Hypothetical conserved protein

B: Hypothetical conserved protein

C: Hypothetical conserved protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.980, 166.980, 98.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Hypothetical conserved protein / TtoA 分子量: 22911.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB27 / 遺伝子: TT_C0834 / プラスミド: pMK18 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q72JD8
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	5.745	78.59008
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	9	0.2M sodium malonate, 44% MPD, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
291	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	9	0.2M sodium malonate, 43% MPD, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
1,2,3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	1	1.072
シンクロトロン	SLS	X06SA	2	0.9252
シンクロトロン	SLS	X06SA	3	1.0162

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2008年3月1日	mirrors
PSI PILATUS 6M	2	PIXEL	2008年4月9日	mirrors
PSI PILATUS 6M	3	PIXEL	2008年5月5日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.072	1
2	0.9252	1
3	1.0162	1

反射

解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 38811 / Num. obs: 38811 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 86.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.097

反射シェル

解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 1.034 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique all: 6196 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.801→37.126 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: Isotropic and TLS / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	1946	5.01 %	5% of reflections, selected randomly
R_work	0.196	36864	-	-
obs	0.198	38810	99.53 %	-
all	-	38810	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 84.134 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 342.47 Å² / B_iso mean: 100.676 Å² / B_iso min: 48.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.925 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.925 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.409 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.801→37.126 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4626	0	129	41	4796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4863
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.649	6554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	681
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	854
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.892	1723

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.801-2.871	0.339	134	0.303	2397	2531	93
2.871-2.949	0.338	123	0.258	2643	2766	100
2.949-3.036	0.266	143	0.235	2628	2771	100
3.036-3.134	0.233	156	0.205	2592	2748	100
3.134-3.246	0.21	121	0.179	2636	2757	100
3.246-3.375	0.218	133	0.151	2643	2776	100
3.375-3.529	0.192	139	0.162	2642	2781	100
3.529-3.715	0.205	147	0.167	2625	2772	100
3.715-3.947	0.208	135	0.176	2631	2766	100
3.947-4.252	0.21	166	0.164	2622	2788	100
4.252-4.679	0.215	133	0.155	2663	2796	100
4.679-5.354	0.182	134	0.17	2675	2809	100
5.354-6.739	0.28	139	0.234	2684	2823	100
6.739-37.129	0.257	143	0.214	2783	2926	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7936	1.966	1.2524	5.1222	1.5864	1.181	0.1859	0.0072	0.0813	-0.1929	0.2111	-1.3948	-0.2023	0.485	-0.3381	0.5591	-0.034	-0.01	0.6271	-0.0456	0.7071	63.7232	-59.4799	-23.3923
2	3.4817	1.5425	0.6456	1.6348	1.7003	2.0449	0.1026	0.1091	-0.5645	0.1426	0.0282	0.0567	0.1921	0.1906	-0.1807	0.5069	0.0522	-0.0313	0.6007	-0.0209	0.583	61.6383	-67.4399	-24.0335
3	4.2572	1.681	1.7244	3.797	-0.4706	4.4866	0.2262	-0.2941	-0.3485	0.9105	-0.2249	-0.244	0.5221	-0.2447	-0.0742	0.8651	-0.1188	-0.0524	0.4721	0.0689	0.5643	83.6723	-33.7948	-29.3897
4	2.2014	0.7789	-0.5549	3.2914	-1.7667	2.532	-0.1341	-0.2068	0.1342	0.7556	0.0404	-0.1196	-0.4269	0.2998	0.1417	0.7575	0.0018	-0.0219	0.4345	0.0249	0.4569	88.1664	-28.4227	-27.7147
5	0.9895	1.4746	3.4743	1.7997	1.3055	3.5917	-0.4196	-0.0446	0.5118	-0.3916	-0.0053	0.4889	-0.5049	-0.8627	0.5512	0.6807	0.0106	-0.1223	0.7536	-0.1409	0.8358	38.2063	-50.541	-22.8242
6	1.1725	0.5987	2.3468	1.9259	-0.2738	2.3867	-0.3808	-0.5144	0.4975	0.0356	0.223	0.4006	-0.3728	0.0194	0.2089	0.4952	0.0325	-0.0443	0.6487	-0.2204	0.7778	38.6693	-49.2987	-16.309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:93)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 94:207)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:93)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 94:207)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 1:92)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 93:207)

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