PDB-3dxn: Crystal structure of the calcium-dependent kinase from toxoplasma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dxn

タイトル

Crystal structure of the calcium-dependent kinase from toxoplasma gondii, 541.m00134, kinase domain.

要素

Calmodulin-like domain protein kinase isoform 3

キーワード

TRANSFERASE / cdpk / calcium dependent kinase / calmodulin / parasite / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Wasney, G. / Lin, Y.H. / Hassani, A. / Ali, A. / Schapira, M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the calcium-dependent kinase from toxoplasma gondii, 541.m00134, kinase domain.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Wasney, G. / Lin, Y.H. / Hassani, A. / Ali, A. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Wikstrom, M. / ...

履歴

登録	2008年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dxn.cif.gz	65 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dxn.ent.gz	48 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dxn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dxn_validation.pdf.gz	427 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dxn_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	3dxn_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	3dxn_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dxn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dxn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ma6-1 4fgb-d 4z3v-d 5vc5-d 3wnx-d 3i36-d 1rpm-1 5loh-1 5dr2-d 4ygb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-like domain protein kinase isoform 3

33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.345, 121.345, 45.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Calmodulin-like domain protein kinase isoform 3 分子量: 33025.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: 541.m00134 / プラスミド: p15mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q3HNM6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M Hepes, 5 % ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→85.75 Å / Num. all: 17797 / Num. obs: 17780 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 47.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / R_sym value: 0.097 / Χ²: 1.074 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.17→2.25 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique all: 1726 / R_sym value: 0.62 / Χ²: 0.774 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	30.34 Å
Translation	2.5 Å	30.34 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.17→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.81 / SU B: 14.633 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	904	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23	-	-	-
all	0.232	17784	-	-
obs	0.232	17770	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.44 Å² / B_iso mean: 44.574 Å² / B_iso min: 29.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2021	0	0	66	2087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.866	1.972	2833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.371	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.347	23.913	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.494	15	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.601	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.157	0.2	906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.022	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.152	1.5	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.267	2	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.304	3	867
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.432	4.5	753

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	68	-
R_work	0.283	1207	-
all	-	1275	-
obs	-	1726	99.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.1973	-8.642	5.2364	24.5136	-1.4897	8.8445	0.1859	-0.567	1.4551	0.9986	0.4908	-0.116	-0.4402	-0.2482	-0.6767	0.13	0.0958	0.1617	0.0408	-0.1718	0.3348	35.661	39.201	-21.391
2	13.1154	-3.2979	2.2795	12.5443	-7.4818	10.5188	-0.2027	-1.1318	-0.0045	1.004	0.2872	0.0341	-0.697	0.2654	-0.0845	0.0973	0.1659	0.0984	0.1013	-0.1276	0.0945	39.839	34.385	-17.153
3	4.4841	0.3075	-0.6268	6.381	1.8155	3.4865	-0.1351	-0.8387	0.4743	-0.1472	0.208	0.2136	-0.4057	-0.02	-0.0729	-0.0832	0.127	0.04	-0.0421	0.0604	-0.0699	43.781	27.978	-26.25
4	9.7127	-1.3632	-1.2244	7.6016	1.5803	3.9157	-0.1606	-0.5424	0.3117	-0.4407	0.2046	0.0045	-0.2108	0.0226	-0.044	-0.1453	0.0858	0.033	-0.1658	0.0135	-0.2088	47.056	22.358	-29.038
5	6.7824	6.1716	2.0892	6.6497	0.2744	3.2029	0.014	-1.8419	-0.4089	0.8155	-0.2551	0.5228	0.1827	-0.4855	0.2411	0.0389	0.1905	0.1346	0.4249	0.1693	0.0362	42.96	12.668	-18.679
6	6.5517	2.0203	2.3125	4.2482	2.3015	7.5899	-0.505	-0.4432	-0.4642	-0.4375	0.0828	0.2825	0.1253	-0.4482	0.4223	-0.0756	0.0686	0.094	-0.1988	0.0981	-0.1173	39.611	9.606	-31.93
7	6.8488	1.093	-6.4441	8.0805	1.5018	18.6104	-0.4216	-0.6809	-0.7338	0.1254	-0.1733	0.5137	0.3523	-0.886	0.5949	0.0387	0.0205	0.1126	-0.0574	0.0501	0.2491	34.315	2.665	-30.915
8	8.6743	1.8877	-2.095	6.8927	-0.5185	5.7453	-0.8722	0.1621	-1.2544	-1.1016	0.6794	-0.8654	0.3627	0.3584	0.1928	0.0569	0.0206	0.3049	-0.245	0.0072	0.1175	50.739	7.884	-36.756

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	20 - 34	20 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	35 - 66	35 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	67 - 125	67 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	126 - 167	126 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	168 - 202	168 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	203 - 224	203 - 224
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	225 - 248	225 - 248
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	249 - 287	249 - 287

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