PDB-3dxa: Crystal Structure of the DM1 TCR in complex with HLA-B*4405 and d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dxa

タイトル

Crystal Structure of the DM1 TCR in complex with HLA-B*4405 and decamer EBV antigen

要素

Beta-2-microglobulin
DM1 T cell receptor alpha chain
DM1 T cell receptor beta chain
EBV decapeptide epitope
HLA class I histocompatibility complex HLA-B*4402

キーワード

IMMUNE SYSTEM / MHC / Glycoprotein / Glycation / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Pyrrolidone carboxylic acid / Disease mutation

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell nuclear matrix / viral latency / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...host cell nuclear matrix / viral latency / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / alpha-beta T cell receptor complex / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / TAP binding / alpha-beta T cell activation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / : / : / secretory granule membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to bacterium / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Archbold, J.K. / Macdonald, W.A. / Gras, S. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2009
タイトル: Natural micropolymorphism in human leukocyte antigens provides a basis for genetic control of antigen recognition.
著者: Archbold, J.K. / Macdonald, W.A. / Gras, S. / Ely, L.K. / Miles, J.J. / Bell, M.J. / Brennan, R.M. / Beddoe, T. / Wilce, M.C. / Clements, C.S. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Burrows, S.R. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2008年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dxa.cif.gz	472.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dxa.ent.gz	384.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dxa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dxa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/3dxa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dx6C 3dx7C 3dx8C 3dx9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mtm-d 6vmx-1 3qdm-d 2ypl-d 4jrx-d 5nme-2 6q3s-d 3kxf-1 6rp9-2 5brz-d 5bs0-d 6vm8-1 1lp9-1 3sjv-1 3kxf-3 3uts-1 3ffc-1 2f54-2 4pri-d 6bj3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (8) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (10) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (4) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (4) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (5) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (4) #204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (8)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
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#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (4)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (4)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (5)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (4)
#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HLA class I histocompatibility complex HLA-B*4402

B: Beta-2-microglobulin

C: EBV decapeptide epitope

D: DM1 T cell receptor alpha chain

E: DM1 T cell receptor beta chain

F: HLA class I histocompatibility complex HLA-B*4402

G: Beta-2-microglobulin

H: EBV decapeptide epitope

I: DM1 T cell receptor alpha chain

J: DM1 T cell receptor beta chain

K: HLA class I histocompatibility complex HLA-B*4402

L: Beta-2-microglobulin

M: EBV decapeptide epitope

N: DM1 T cell receptor alpha chain

O: DM1 T cell receptor beta chain

286 kDa, 15 ポリマー
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1

A: HLA class I histocompatibility complex HLA-B*4402

B: Beta-2-microglobulin

C: EBV decapeptide epitope

D: DM1 T cell receptor alpha chain

E: DM1 T cell receptor beta chain

登録者が定義した集合体
95.5 kDa, 5 ポリマー
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2

F: HLA class I histocompatibility complex HLA-B*4402

G: Beta-2-microglobulin

H: EBV decapeptide epitope

I: DM1 T cell receptor alpha chain

J: DM1 T cell receptor beta chain

登録者が定義した集合体
95.5 kDa, 5 ポリマー
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3

K: HLA class I histocompatibility complex HLA-B*4402

L: Beta-2-microglobulin

M: EBV decapeptide epitope

N: DM1 T cell receptor alpha chain

O: DM1 T cell receptor beta chain

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.954, 121.954, 695.914
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	GLN	GLN	K	K	1 - 180	1 - 180
2	1	GLY	GLY	GLN	GLN	A	A	1 - 180	1 - 180
3	1	GLY	GLY	GLN	GLN	F	F	1 - 180	1 - 180
1	2	ILE	ILE	MET	MET	G	G	1 - 99	1 - 99
2	2	ILE	ILE	MET	MET	B	B	1 - 99	1 - 99
3	2	ILE	ILE	MET	MET	L	L	1 - 99	1 - 99
1	3	ALA	ALA	GLY	GLY	I	I	2 - 108	1 - 91
2	3	ALA	ALA	GLY	GLY	D	D	2 - 108	1 - 91
3	3	ALA	ALA	GLY	GLY	N	N	2 - 108	1 - 91
1	4	GLY	GLY	GLY	GLY	O	O	3 - 119	2 - 106
2	4	GLY	GLY	GLY	GLY	E	E	3 - 119	2 - 106
3	4	GLY	GLY	GLY	GLY	J	J	3 - 119	2 - 106
1	5	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	181 - 276	181 - 276
2	5	ARG	ARG	PRO	PRO	K	K	181 - 276	181 - 276
3	5	ARG	ARG	PRO	PRO	F	F	181 - 276	181 - 276
1	6	GLY	GLY	GLY	GLY	I	I	109 - 118	92 - 101
2	6	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	109 - 118	92 - 101
3	6	GLY	GLY	GLY	GLY	N	N	109 - 118	92 - 101
1	7	PRO	PRO	THR	THR	J	J	120 - 245	107 - 232
2	7	PRO	PRO	THR	THR	E	E	120 - 245	107 - 232
3	7	PRO	PRO	THR	THR	O	O	120 - 245	107 - 232
1	8	THR	THR	ASN	ASN	I	I	119 - 199	102 - 182
2	8	THR	THR	ASN	ASN	D	D	119 - 199	102 - 182
3	8	THR	THR	ASN	ASN	N	N	119 - 199	102 - 182
1	9	GLU	GLU	PHE	PHE	H	H	1 - 10	1 - 10
2	9	GLU	GLU	PHE	PHE	C	C	1 - 10	1 - 10
3	9	GLU	GLU	PHE	PHE	M	M	1 - 10	1 - 10

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

#1: タンパク質	HLA class I histocompatibility complex HLA-B4402 / HLA class I histocompatibility antigen / B-44 alpha chain / MHC class I antigen B44 / Bw-44 分子量: 32028.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30481, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド	EBV decapeptide epitope 分子量: 1282.421 Da / 分子数: 3 / Fragment: residues 281-290 / 由来タイプ: 合成詳細: sequence occurs in Human herpesvirus 4, gene EBNA6, BERF3-BERF4 参照: UniProt: P03204
#4: タンパク質	DM1 T cell receptor alpha chain 分子量: 22255.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#5: タンパク質	DM1 T cell receptor beta chain 分子量: 28139.178 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: Bicine, Lithium Sulfate, PEG 3350, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→100 Å / Num. obs: 40244 / Observed criterion σ(I): 0

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→100 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.803 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.748 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 130.072 / SU ML: 0.846 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.873 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33	1970	5 %	RANDOM
R_work	0.286	-	-	-
all	0.289	36429	-	-
obs	0.289	39229	97.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.41 Å² / B_iso mean: 63.928 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20168	0	0	0	20168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	20718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	14229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.936	28160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.98	3.003	34308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	20.746	5	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.274	23.76	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.244	15	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.034	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	23280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	15091
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	9410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	11416
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.251	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.236	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.078	1.5	15863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.028	1.5	4948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.113	2	20137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.162	3	9928
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.236	4.5	8022

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	K	2534	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	2	A	2534	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	3	F	2534	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	1	K	2534	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
1	2	A	2534	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
1	3	F	2534	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
2	1	G	1414	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	2	B	1414	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	3	L	1414	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	1	G	1414	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
2	2	B	1414	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
2	3	L	1414	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
3	1	I	1404	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	2	D	1404	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	3	N	1404	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	1	I	1404	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
3	2	D	1404	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
3	3	N	1404	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
4	1	O	1683	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	2	E	1683	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	3	J	1683	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
4	1	O	1683	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
4	2	E	1683	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
4	3	J	1683	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
5	1	A	1336	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
5	2	K	1336	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
5	3	F	1336	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
5	1	A	1336	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	2	K	1336	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
5	3	F	1336	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	1	I	131	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
6	2	D	131	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
6	3	N	131	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
6	1	I	131	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	2	D	131	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
6	3	N	131	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
7	1	J	1713	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	2	E	1713	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
7	3	O	1713	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
7	1	J	1713	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
7	2	E	1713	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
7	3	O	1713	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
8	1	I	1066	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
8	2	D	1066	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
8	3	N	1066	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
8	1	I	1066	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
8	2	D	1066	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
8	3	N	1066	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
9	1	H	153	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
9	2	C	153	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
9	3	M	153	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
9	1	H	153	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
9	2	C	153	TIGHT THERMAL	0.02	0.5
9	3	M	153	TIGHT THERMAL	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	129	-
R_work	0.336	2778	-
all	-	2907	-
obs	-	-	99.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4664	0.0701	-0.8527	4.2399	2.4794	3.9345	0.037	0.2873	-0.3158	-0.5609	-0.1856	-0.0934	0.2676	-0.6907	0.1486	-0.2719	-0.0595	-0.0603	-0.1236	-0.2011	-0.1192	-34.7485	14.5218	-23.4117
2	1.1521	0.0788	0.1798	2.646	1.5831	2.098	0.0864	-0.0772	0.0069	0.0424	0.0492	-0.5008	-0.1744	0.1219	-0.1356	-0.4015	-0.0513	0.0224	-0.3837	-0.2065	-0.2229	-20.0069	51.0283	20.3747
3	1.2862	-0.1751	-0.6676	1.4681	2.4709	4.941	-0.2316	-0.0999	-0.1365	0.4016	-0.0152	0.2699	0.3301	-0.0085	0.2468	-0.0617	-0.0002	0.0036	-0.5416	-0.261	-0.1001	-37.2173	67.912	81.7491
4	1.4795	0.3669	0.9829	1.5973	1.3348	5.0138	0.1156	-0.1345	0.0726	0.04	-0.313	0.2293	0.0448	-1.1768	0.1974	-0.4216	-0.0836	-0.044	-0.1247	-0.2644	-0.2084	-55.4829	41.4493	32.9489
5	1.4937	0.3717	0.8083	4.0718	2.2826	3.7934	0.2005	0.6559	-0.2315	-0.9259	-0.0376	-0.5857	0.2315	0.5753	-0.1629	-0.0638	0.0643	0.0524	-0.0627	-0.0693	0.1396	-44.1019	65.1621	-26.9043
6	2.6222	-1.1277	-1.6411	2.6745	0.0635	4.3269	0.2851	-1.0031	0.0038	0.9382	-0.0155	0.061	-0.227	0.3339	-0.2695	-0.0412	-0.3515	-0.1321	-0.0246	-0.0941	-0.1371	-57.3251	94.1194	22.5083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 276	1 - 276
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 99	1 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	1 - 10	1 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	D	3 - 195	2 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	2	E	E	3 - 245	2 - 232
6	X-RAY DIFFRACTION	3	F	F	1 - 276	1 - 276
7	X-RAY DIFFRACTION	3	G	G	1 - 99	1 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	3	H	H	1 - 10	1 - 10
9	X-RAY DIFFRACTION	4	I	I	3 - 195	2 - 178
10	X-RAY DIFFRACTION	4	J	J	3 - 245	2 - 232
11	X-RAY DIFFRACTION	5	K	K	1 - 276	1 - 276
12	X-RAY DIFFRACTION	5	L	L	1 - 99	1 - 99
13	X-RAY DIFFRACTION	5	M	M	1 - 10	1 - 10
14	X-RAY DIFFRACTION	6	N	N	3 - 195	2 - 178
15	X-RAY DIFFRACTION	6	O	O	3 - 245	2 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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