PDB-3dwr: Leishmania major coproporphyrinogen III oxidase with bound ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dwr

タイトル

Leishmania major coproporphyrinogen III oxidase with bound ligand

要素

Coproporphyrinogen III oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / fragment cocktail / Structural Genomics / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / Heme biosynthesis / Porphyrin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

coproporphyrinogen oxidase / coproporphyrinogen oxidase activity / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.66 Å

データ登録者

Le Trong, I. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Leishmania major coproporphyrinogen III oxidase with bound ligand
著者: Merritt, E.A. / Le Trong, I. / Larson, E.T. / Shibata, S. / Zhang, Z. / Anderson, L. / Ross, J. / Verlinde, C.L.M.J. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Hol, G.J.W. / Fan, E.

履歴

登録	2008年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dwr.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dwr.ent.gz	105.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/3dwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/3dwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qt8S 1vju 3dws S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tqx-d 2pxa-d 5uxg-d 7m0t-d 6tqy-d 3ejo-d 6z69-d 4bmr-d 3dws-d 4v2i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj006828AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coproporphyrinogen III oxidase

B: Coproporphyrinogen III oxidase

ヘテロ分子

71.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.487, 48.060, 84.442
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Coproporphyrinogen III oxidase / Coproporphyrinogenase / Coprogen oxidase 分子量: 35441.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 株: Friedlin / 遺伝子: LMAJ006828, LmjF06.1270 / プラスミド: pET14b, BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P84155, coproporphyrinogen oxidase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-0PA / cyclopentylacetic acid / シクロペンタン酢酸分子量: 128.169 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200mM ammonium sulfate, 29% PEG 5000MME, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03322 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03322 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.66→50 Å / Num. obs: 63608 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 21.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.66-1.72	1.8	0.267	1	41.3
1.72-1.79	2.1	0.204	1	62.3
1.79-1.87	2.4	0.168	1	81.7
1.87-1.97	3.1	0.122	1	96.7
1.97-2.09	4.1	0.087	1	100
2.09-2.25	4.2	0.065	1	100
2.25-2.48	4.2	0.055	1	100
2.48-2.84	4.2	0.05	1	100
2.84-3.58	4.2	0.034	1	100
3.58-50	4.1	0.026	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.4.0066	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

開始モデル: 2QT8

2qt8

解像度: 1.66→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.052 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	3145	4.9 %
R_work	0.163	-	-
obs	0.164	63544	88.3 %

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.66→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4558	0	74	275	4907

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4907
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.941	6634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	8342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.442	5	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.641	23.394	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.986	15	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.621	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.558	1.5	2817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.151	1.5	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.037	2	4546
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.711	3	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.767	4.5	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.66→1.7 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	84	-
R_work	0.213	1975	-
obs	-	-	38.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5334	0.4253	0.0147	2.1591	0.3194	2.1641	-0.0729	0.1564	-0.146	-0.1641	0.0562	-0.1021	0.1888	0.0732	0.0167	0.1236	-0.002	-0.0009	0.0519	0.0075	0.1158	37.7327	28.3756	26.7984
2	0.8973	-0.0909	-0.3038	0.7238	0.2647	1.2867	-0.0266	0.1167	0.0055	-0.0648	0.0461	-0.058	0.0362	0.1006	-0.0195	0.0753	-0.0236	0.0027	0.0509	0.0029	0.0834	39.9026	43.7055	20.3855
3	0.9057	0.6395	0.1658	2.3227	-0.2537	1.0324	-0.0258	0.0392	0.0683	-0.1233	0.046	0.0294	-0.0999	-0.0264	-0.0203	0.0486	-0.0027	-0.0111	0.0433	0.0098	0.0899	24.7791	48.074	26.6074
4	1.9696	0.3588	0.2813	4.3807	0.766	4.5673	-0.1361	0.3253	0.5437	-0.1254	-0.0723	0.3347	-0.2946	-0.3138	0.2085	0.0701	0.065	0.0063	0.1008	0.0687	0.2217	-4.4081	53.6033	22.2583
5	1.9672	0.1356	0.2145	0.9217	0.1626	1.3507	-0.0793	0.3257	0.0213	-0.0826	0.0197	0.0667	-0.0991	-0.1786	0.0596	0.051	-0.0074	-0.0018	0.1122	-0.0091	0.0911	0.0274	37.8848	21.5971
6	3.0318	0.0009	-0.2773	1.7276	0.0633	0.9471	-0.0919	-0.0097	-0.3215	-0.0356	0.028	0.1639	0.1402	-0.1453	0.0639	0.0458	-0.0159	0.0145	0.0421	-0.0184	0.0968	10.0507	32.8975	29.68

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 87	9 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	88 - 227	96 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	228 - 301	236 - 309
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 53	9 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	54 - 256	62 - 264
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	257 - 301	265 - 309

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