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- PDB-3dwj: Heme-proximal W188H mutant of inducible nitric oxide synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dwj
タイトルHeme-proximal W188H mutant of inducible nitric oxide synthase
要素Nitric oxide synthase, inducible
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE MONOOXYGENASE / HEME / PTERIN / DIMER / NOS / Calmodulin-binding / FAD / FMN / Iron / Metal-binding / NADP / Polymorphism / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / cGMP-mediated signaling / nitric-oxide synthase binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cellular response to cytokine stimulus / regulation of insulin secretion / cellular response to organic cyclic compound / nitric-oxide synthase (NADPH) / blood vessel remodeling / nitric oxide mediated signal transduction / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / beta-catenin binding / regulation of blood pressure / cellular response to type II interferon / circadian rhythm / peroxisome / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to xenobiotic stimulus / FMN binding / NADP binding / actin binding / regulation of cell population proliferation / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / response to hypoxia / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / cadherin binding / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / AMMONIUM ION / Nitric oxide synthase, inducible
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Tejero, J. / Biswas, A. / Wang, Z.-Q. / Haque, M.M. / Hemann, C. / Zweier, J.L. / Page, R.C. / Misra, S. / Stuehr, D.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Stabilization and Characterization of a Heme-Oxy Reaction Intermediate in Inducible Nitric-oxide Synthase
著者: Tejero, J. / Biswas, A. / Wang, Z.Q. / Page, R.C. / Haque, M.M. / Hemann, C. / Zweier, J.L. / Misra, S. / Stuehr, D.J.
履歴
登録2008年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide synthase, inducible
B: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5079
ポリマ－99,6592
非ポリマー1,8487
水5,819323
1
A: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子

A: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,60310
ポリマ－99,6592
非ポリマー1,9448
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area10440 Å2
ΔGint-108.4 kcal/mol
Surface area33580 Å2
手法PISA
2
B: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子

B: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4118
ポリマ－99,6592
非ポリマー1,7526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
Buried area10530 Å2
ΔGint-78.1 kcal/mol
Surface area33540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.597, 214.597, 111.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1029-

HOH

21B-1127-

HOH

31B-1134-

HOH

41B-1140-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitric oxide synthase, inducible / NOS type II / Inducible NO synthase / Inducible NOS / iNOS / Macrophage NOS / MAC- NOS


分子量: 49829.676 Da / 分子数: 2 / 断片: OXYGENASE DOMAIN 66-496 / 変異: W188H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nos2, Inosl / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 5種, 330分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.05 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.3
詳細: 0.7-1.2M (NH4)2SO4, 0.1M MES, pH 4.9-5.7, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→43.8 Å / Num. obs: 37844 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.53 % / Biso Wilson estimate: 55.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 4.49 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NOD

1nod


解像度: 2.75→43.77 Å / SU ML: 0.45 / 位相誤差: 34.57 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 3507 5.07 %
Rwork0.226 --
obs0.229 37844 92.3 %
all-37844 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.49 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.75 Å20 Å20 Å2
2---10.75 Å2-0 Å2
3---21.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6677 0 127 323 7127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4869565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.22505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081220
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.79 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.467 165 -
Rwork0.367 2577 -
obs--92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4993-0.4099-7.14290.8369-3.5289-2.16080.3489-1.3876-0.00870.3142-0.41860.07130.45990.8459-0.56510.3660.023-0.26650.5621-0.250.011870.5713-40.987.4462
20.31240.4050.80254.37111.34470.54230.30010.07620.09210.8049-0.4072-0.92670.19370.00560.10380.43820.0963-0.26740.5582-0.27110.443577.7754-42.51251.3284
31.1250.19551.2110.3718-0.42871.00920.14510.0457-0.253-0.11460.0266-0.60640.11640.5417-0.26290.30610.07060.04780.4218-0.10060.820698.161-26.8678-11.1041
45.71470.54092.26990.30922.0069-0.6277-0.51610.60651.54540.3234-0.6068-0.61770.75720.31141.31150.36860.08360.20360.46330.11580.925997.7062-18.0322-26.1206
50.6567-1.0662-1.1160.4774-0.78610.96820.1024-0.12591.25310.0022-0.5167-0.7572-0.3542-0.17940.26330.29340.0433-0.03130.4171-0.08870.758798.4473-18.453-12.1659
6-0.1481-1.3909-0.35430.0113-0.9580.87930.0724-0.07580.86660.1229-0.3110.5382-0.2353-0.06880.220.34550.0796-0.04190.4038-0.24640.803481.7153-15.2397-7.7894
73.21851.33890.59020.8869-0.3480.62610.3051-0.1051.5155-0.0318-0.55840.04340.1639-0.02140.32320.48990.0236-0.01570.486-0.38420.930382.3075-12.3125-2.6501
80.1705-2.78591.30184.98860.55383.07350.1078-0.55891.29830.4176-0.373-0.54930.35030.459-0.29670.2676-0.010.00920.3064-0.48210.32671.9926-17.16527.131
99.335-0.8309-2.68230.8054-1.4611-2.07281.6103-1.09350.02340.3036-1.33470.1120.5633-0.9949-0.50750.4758-0.40680.08211.1052-0.55330.414563.1912-22.216915.3873
108.5122-1.8672-3.46490.02120.19780.69850.4539-1.24082.13291.028-0.32990.05980.1828-0.1223-0.12170.4997-0.14520.02590.8097-0.66540.52775.0996-13.557713.6128
112.67962.7172-0.18010.68770.57460.1775-0.1616-0.60271.2841-0.2043-0.25220.8699-0.3445-0.1960.3750.39310.07720.00710.508-0.50281.753654.5041-10.5120.5505
120.4999-0.58660.25261.99290.55-0.36-0.20730.0324-0.0765-0.0087-0.15030.41040.10880.05480.37550.50350.0768-0.06960.5067-0.25730.717376.1286-19.2635-4.483
13-2.0078-1.08-1.06045.13370.28461.01410.2872-0.02280.16060.7063-0.18151.0324-0.1045-0.0895-0.07170.2163-0.00480.09310.3929-0.49380.945450.8185-26.0313.3966
144.95530.6365-1.54822.2062-0.35531.6859-0.04990.2211.0639-0.1277-0.17550.846-0.1012-0.40560.22530.31350.0822-0.190.1813-0.31040.519360.06-22.3687-13.4614
152.56291.09232.98510.77370.6622-1.11450.0099-0.22360.7001-0.25-0.11710.3359-0.1229-0.16680.12790.30580.0514-0.08960.4605-0.22940.366672.6491-31.5534-10.4202
166.08875.35031.8675-7.7831-5.6087-3.83340.62331.6259-0.49220.1222-0.02740.4660.22990.6845-1.18750.57850.2162-0.19211.1631-0.17560.981886.6479-24.306615.0142
170.2957-1.1449-1.36351.0594-1.75370.3586-0.01610.7344-0.3283-0.6517-0.0242-0.1038-0.14920.13830.07110.46320.09020.14790.6118-0.22440.482285.69934.274141.4654
182.03923.49131.26317.2383-2.03639.73691.1926-0.50021.55370.095-2.15010.34281.3650.95960.73540.4640.0780.15890.7311-0.37930.783283.5299-3.591648.6746
191.03450.74821.5081-0.26870.07310.5483-0.05620.4457-0.1857-0.1788-0.632-0.79930.22820.38940.6250.3930.05560.03490.5377-0.10680.83196.5755-22.569754.0824
202.91651.9405-0.4554-3.3932-1.33020.391-0.6302-0.2771-1.6450.4331-0.2619-0.35190.2926-0.02840.55070.4847-0.0749-0.21220.31630.27581.248794.6591-32.802371.8054
212.98470.75360.6130.2989-0.14850.23290.54210.3644-0.750.0611-0.6297-0.14250.1002-0.13330.07650.367-0.0189-0.03230.4781-0.16730.622189.6961-27.132859.2256
222.99120.77020.8188-0.3367-1.144-0.57770.55610.067-0.8574-0.2131-0.23650.49680.23920.0128-0.27450.3241-0.0178-0.16830.3215-0.37090.7378.4706-33.683650.9009
230.8329-0.34850.54773.0486-1.11630.71250.0449-0.4701-0.6645-0.199-0.16180.54110.13690.11220.12430.43260.0502-0.21390.4709-0.36890.822477.1171-30.738449.2409
244.50193.7452-1.9094-0.33940.29153.5297-0.21110.0761-1.6288-1.0289-0.37690.3979-0.2750.5732-0.25240.45330.1127-0.29650.6333-0.59630.417272.1579-21.393639.4333
250.218-0.81170.20470.6466-0.3356-0.30180.33940.4836-0.141-0.963-0.41380.739-0.5332-0.19580.06470.76980.2423-0.28910.7435-0.45550.442866.3563-17.34230.5936
26-4.06480.26781.65094.41670.61610.65490.42410.5169-0.6514-0.6377-0.37821.4398-0.1262-0.35470.06590.32020.0859-0.2750.4368-0.31550.625566.9349-26.338340.8157
275.23764.9834-3.2457-2.1399-2.74252.04740.7613-0.36181.24040.5867-0.24660.62340.936-0.771-0.29680.3886-0.0006-0.20370.8513-0.63351.046249.8304-12.902345.0989
28-0.5571-1.3805-0.426-0.00050.23961.107-0.12540.02690.2407-0.1215-0.2025-0.03920.2228-0.14290.36030.3772-0.0288-0.10420.4487-0.31710.652775.4579-20.418150.9665
295.7616.06190.10133.0097-2.20441.074-0.13240.80680.9943-1.05590.36020.90170.2237-0.3497-0.03790.33560.0279-0.20580.4177-0.29160.722156.5061-3.802942.5728
30-0.0034-1.2125-0.35332.0513-3.96461.6896-0.35670.3202-0.3598-0.06230.53871.54580.0409-0.98140.06270.43980.0022-0.25160.5781-0.53580.871554.8993-3.785651.045
310.34981.3458-0.3731.09260.30010.44230.14420.2731-0.3818-0.0774-0.29440.5315-0.0605-0.19640.19470.2096-0.0645-0.03770.3235-0.21240.355874.9473-11.087160.5859
32-2.7238-3.9577-2.04771.78421.1927-0.19440.2127-0.1377-0.4886-0.33860.4614-0.9269-0.38040.5792-0.84520.57830.08570.03781.1473-0.52411.809487.2283-23.280530.111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 77:88)A77 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 89:124)A89 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 125:146)A125 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 147:159)A147 - 159
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 160:185)A160 - 185
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 186:221)A186 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 222:252)A222 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 253:264)A253 - 264
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 265:280)A265 - 280
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 281:314)A281 - 314
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 315:339)A315 - 339
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 340:372)A340 - 372
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 373:400)A373 - 400
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 401:448)A401 - 448
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 449:490)A449 - 490
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 491:496)A491 - 496
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 77:100)B77 - 100
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 108:116)B108 - 116
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 117:145)B117 - 145
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 146:159)B146 - 159
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 160:198)B160 - 198
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 199:220)B199 - 220
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 221:251)B221 - 251
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 252:264)B252 - 264
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 265:296)B265 - 296
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 297:329)B297 - 329
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 330:340)B330 - 340
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 341:375)B341 - 375
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 376:397)B376 - 397
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 398:421)B398 - 421
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 422:490)B422 - 490
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 491:496)B491 - 496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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