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万見
- PDB-3dw0: Crystal structure of the class A carbapenemase KPC-2 at 1.6 angst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dw0
タイトルCrystal structure of the class A carbapenemase KPC-2 at 1.6 angstrom resolution
要素Class A carbapenemase KPC-2
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / KPC-2 / carbapenemase / Antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Petrella, S. / Ziental-Gelus, N. / Mayer, C. / Jarlier, V. / Sougakoff, W.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2008
タイトル: Genetic and structural insights into the dissemination potential of the extremely broad-spectrum class A beta-lactamase KPC-2 identified in an Escherichia coli strain and an ...タイトル: Genetic and structural insights into the dissemination potential of the extremely broad-spectrum class A beta-lactamase KPC-2 identified in an Escherichia coli strain and an Enterobacter cloacae strain isolated from the same patient in France.
著者: Petrella, S. / Ziental-Gelus, N. / Mayer, C. / Renard, M. / Jarlier, V. / Sougakoff, W.
履歴
登録2008年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2008年9月16日ID: 2ODS
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class A carbapenemase KPC-2
B: Class A carbapenemase KPC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5452
ポリマ－62,5452
非ポリマー00
水5,513306
1
A: Class A carbapenemase KPC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2721
ポリマ－31,2721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Class A carbapenemase KPC-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2721
ポリマ－31,2721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 91.300, 73.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Class A carbapenemase KPC-2


分子量: 31272.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 2138 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A8DS27
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M KSCN, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月24日 / 詳細: mirror 1, double crystal, mirror 2
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.76 Å / Num. obs: 86680 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.54
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 11.68 / Num. unique all: 14100 / Rsym value: 0.137 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Xnemoデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DY6

1dy6


解像度: 1.6→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 2.667 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 4335 5 %RANDOM
Rwork0.18758 ---
obs0.18875 82347 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.889 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.22 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3953 0 0 306 4259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9585483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4785523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88623.69168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95315618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1251530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22835
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0740.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.52660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37524153
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.12531549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0594.51330
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.18534209
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.6543306
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.35333953
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 307 -
Rwork0.184 5819 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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