PDB-3dvt: Biochemical and structural characterization of the PAK1- LC8 inte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dvt

タイトル

Biochemical and structural characterization of the PAK1- LC8 interaction

要素

Dynein light chain 1, cytoplasmic

キーワード

MOTOR PROTEIN / Dynein / LC8 / light chain / PIN / dlc1 / DYNLL1 / Microtubule

機能・相同性

機能・相同性情報

spermatid nucleus elongation / positive regulation of neuron remodeling / chaeta morphogenesis / Macroautophagy / Aggrephagy / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule anchoring at centrosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

LIghtcap, C.M. / Williams, J.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural characterization of the Pak1-LC8 interaction.
著者: Lightcap, C.M. / Sun, S. / Lear, J.D. / Rodeck, U. / Polenova, T. / Williams, J.C.

履歴

登録	2008年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dvt.cif.gz	113.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dvt.ent.gz	90 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dvt_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dvt_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	3dvt_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	3dvt_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/3dvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/3dvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dvhC 3dvpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dvh-2 4yba-d 5e1l-d 1hza-d 2ek6-2 3rjs-1 5guq-1 3zie-2 1f9f-1 2ek1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dynein light chain 1, cytoplasmic

B: Dynein light chain 1, cytoplasmic

C: Dynein light chain 1, cytoplasmic

D: Dynein light chain 1, cytoplasmic

E: Dynein light chain 1, cytoplasmic

F: Dynein light chain 1, cytoplasmic

63.8 kDa, 6 ポリマー
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1

E: Dynein light chain 1, cytoplasmic

F: Dynein light chain 1, cytoplasmic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Dynein light chain 1, cytoplasmic

D: Dynein light chain 1, cytoplasmic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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3

A: Dynein light chain 1, cytoplasmic

B: Dynein light chain 1, cytoplasmic

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	36.482, 44.871, 84.825
Angle α, β, γ (deg.)	79.62, 77.54, 88.03
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / Cut up protein 分子量: 10635.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: ctp, Cdlc1, ddlc1, CG6998 / プラスミド: pet21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3* / 参照: UniProt: Q24117
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / Cut up protein

分子量: 10635.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ctp, Cdlc1, ddlc1, CG6998 / プラスミド: pet21D / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3* / 参照: UniProt: Q24117

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM MgCl2, 100 mM MES, 32% (w/v) PEG 4000, and 20% xylitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9793 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 22187 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0034	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→27.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 16.335 / SU ML: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.487 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2577	1149	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18905	-	-	-
obs	0.19263	20970	96.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0.15 Å²	-0.93 Å²
2-	-	-0.74 Å²	-0.04 Å²
3-	-	-	1.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4169	0	0	157	4326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.929	5749
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.404	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.206	24.791	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.599	15	749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.084	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.005	0.02	607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.698	1.5	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.341	2	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.4	3	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.938	4.5	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	52	-
R_work	0.208	1339	-
obs	-	-	81.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4365	0.5337	0.4362	2.5715	0.9123	4.1835	-0.1616	0.1375	0.0921	-0.5341	-0.1001	0.26	-0.3429	-0.2082	0.2617	0.03	0.006	-0.0415	-0.0301	0.0001	-0.1584	-13.3754	1.733	-9.1565
2	2.7966	0.352	0.4192	3.1633	0.6609	1.1515	0.0066	-0.1809	-0.0567	0.2059	-0.0382	0.2437	0.0763	-0.079	0.0316	-0.096	-0.003	0.079	-0.0766	-0.013	-0.1567	-10.4762	-2.6474	10.4927
3	2.0106	0.7668	0.4621	2.695	-0.0089	3.8091	-0.145	-0.2346	0.105	0.3972	0.0083	-0.0739	-0.0913	-0.2216	0.1367	-0.0056	0.0386	0.0486	-0.0164	-0.0274	-0.1993	4.9037	16.6573	26.2887
4	2.9244	-0.8412	-0.8441	3.3252	-0.3553	1.9346	0.0615	0.2095	0.2459	-0.2197	-0.0625	-0.1028	-0.0208	-0.0595	0.001	-0.0914	-0.0276	0.0638	-0.0768	0.0141	-0.171	7.9337	20.7819	6.9454
5	2.235	0.5605	-0.7661	4.3537	-0.9134	3.8196	0.1629	-0.0286	-0.1326	0.176	-0.008	-0.2404	0.4944	0.4548	-0.1549	0.0957	0.0387	-0.058	0.03	-0.0397	-0.1274	4.4058	19.9936	-22.4554
6	3.7799	-0.1805	1.6303	3.0404	-1.4535	6.1194	0.1789	0.2999	0.0247	-0.2061	-0.1446	-0.148	-0.052	0.5963	-0.0344	0.0718	0.0127	0.0244	0.0835	-0.0471	-0.162	4.4971	27.8586	-41.184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 89

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