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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e1l
タイトルStructural and functional analysis of the E. coli FtsZ interacting protein, ZapC, reveals insight into molecular properties of a novel Z ring stabilizing protein
要素Cell division protein ZapC
キーワードCELL CYCLE / Z ring / cell division
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / regulation of cell division / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division protein ZapC / : / : / Cell-division protein ZapC, C-terminal / Cell-division protein ZapC, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein ZapC / Cell division protein ZapC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Huang, K.-H. / Tchorzewski, L. / Zeng, W. / Janakiraman, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Analyses Reveal Insights into the Molecular Properties of the Escherichia coli Z Ring Stabilizing Protein, ZapC.
著者: Schumacher, M.A. / Zeng, W. / Huang, K.H. / Tchorzewski, L. / Janakiraman, A.
履歴
登録2015年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein ZapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7831
ポリマ－22,7831
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.976, 46.741, 62.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein ZapC


分子量: 22783.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ycbW, zapC, AC789_1c09860, BN1008_2209, ECONIH1_05985, EL75_2796, EL79_2872, EL80_2810, HUS2011_1029, HW43_08455, IY32_15190, PD07_27680, PGD_02344, PU06_12140, PU21_19080, PU69_14370, ...遺伝子: ycbW, zapC, AC789_1c09860, BN1008_2209, ECONIH1_05985, EL75_2796, EL79_2872, EL80_2810, HUS2011_1029, HW43_08455, IY32_15190, PD07_27680, PGD_02344, PU06_12140, PU21_19080, PU69_14370, RR31_05140, UN86_22105, UN92_26695, WQ64_03785, WQ65_11505, WQ66_20855, WQ69_14055, WQ70_10055, WQ71_17640, WQ72_12045, WQ73_04655, WQ74_18750, WQ77_23190, WQ79_17420, WQ84_15610, WQ86_15290, WQ88_01710, WQ92_17480, WQ95_04390, WQ99_00770, WR00_01300, WR01_18315, WR03_21275, WR05_24825, WR12_12790, WR13_00430, WR16_17045, WR17_22160, WR18_05905, WR19_22835, WR23_12280, WR24_08325, XB00_15425
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: W8SPQ2, UniProt: P75862*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M sodium citrate, 0.1 M cacodylate pH 6.5 / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→60.5 Å / Num. obs: 9961 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.02 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 4.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→37.643 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 989 9.98 %
Rwork0.197 8925 -
obs0.2003 9914 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.377 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 80.85 Å2 / Biso mean: 27.4791 Å2 / Biso min: 8.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.7294 Å2-0 Å24.5827 Å2
2--2.1796 Å20 Å2
3----10.909 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→37.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1379 0 0 100 1479
Biso mean---32.25 -
残基数----173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4681914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.228525
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1502-2.26360.35171380.30661233137195
2.2636-2.40540.25961380.23121258139697
2.4054-2.5910.26421440.1931293143799
2.591-2.85170.24481450.1911300144599
2.8517-3.26420.23971430.18631286142999
3.2642-4.11170.19671380.17921243138194
4.1117-37.64880.19741430.1811312145597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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