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- PDB-3dv3: MEK1 with PF-04622664 Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dv3
タイトルMEK1 with PF-04622664 Bound
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Kinase inhibitors / MEK / ATP-binding / Disease mutation / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / mitogen-activated protein kinase kinase / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / cerebellar cortex formation / Signaling by MAP2K mutants / regulation of Golgi inheritance / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / protein kinase activator activity / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / Schwann cell development / keratinocyte differentiation / ERK1 and ERK2 cascade / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / myelination / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / cell motility / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / neuron differentiation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / chemotaxis / MAPK cascade / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / heart development / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / protein kinase activity / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-MEK / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kazmirski, S.L. / Kothe, M. / Ding, Y.-H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Beyond the MEK-pocket: can current MEK kinase inhibitors be utilized to synthesize novel type III NCKIs? Does the MEK-pocket exist in kinases other than MEK?
著者: Tecle, H. / Shao, J. / Li, Y. / Kothe, M. / Kazmirski, S. / Penzotti, J. / Ding, Y.H. / Ohren, J. / Moshinsky, D. / Coli, R. / Jhawar, N. / Bora, E. / Jacques-O'Hagan, S. / Wu, J.
履歴
登録2008年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9615
ポリマ－35,8111
非ポリマー1,1504
水1,54986
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子

A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,92210
ポリマ－71,6232
非ポリマー2,3008
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.596, 81.596, 129.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-9056-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MAP kinase kinase 1 / MAPKK 1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK1


分子量: 35811.348 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 62-382 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase

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非ポリマー , 5種, 90分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MEK / 3,4-difluoro-2-[(2-fluoro-4-iodophenyl)amino]-N-(2-hydroxyethoxy)-5-[(2-hydroxyethoxy)methyl]benzamide


分子量: 526.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18F3IN2O5
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.25→100 Å / Num. obs: 23200 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.405 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.25-2.336.70.77723286.0021100
2.33-2.427.60.35123170.4521100
2.42-2.537.70.24523320.4681100
2.53-2.677.70.16423210.5521100
2.67-2.837.70.12723510.671100
2.83-3.057.80.07223190.6261100
3.05-3.367.80.05223480.8281100
3.36-3.857.70.04423371.3211100
3.85-4.857.60.03723351.691199.6
4.85-1007.30.03822122.214192.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→47.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.524 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1103 5.1 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 21515 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.72 Å2 / Biso mean: 55.39 Å2 / Biso min: 39.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20.28 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2255 0 67 86 2408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.92.0123194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.5685285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63824.4998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.92115425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.9471512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21587
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1230.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8781.51446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39922306
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57431023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9734.5888
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 95 -
Rwork0.299 1535 -
all-1630 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27970.81181.08992.7004-1.27695.5902-0.0097-0.18580.42810.3982-0.1250.1869-0.9301-0.43890.13480.14430.1766-0.0704-0.0299-0.0705-0.169839.5507-11.056512.6327
25.5071-0.1528-1.80952.0794-0.12264.7028-0.0066-0.20690.09640.30490.0254-0.2072-0.124-0.2057-0.0188-0.04910.127-0.1168-0.1790.0356-0.181544.7116-16.78614.8743
34.3092-0.3798-1.02383.29290.0964.3567-0.0269-0.0396-0.5051-0.027-0.0765-0.40550.3371-0.01390.1034-0.10370.1052-0.0299-0.27840.0092-0.117248.1884-21.9202-4.6284
413.0931-3.2216-11.695621.9172-14.585124.883-0.24470.34320.8893-0.1853-0.16640.513-1.38940.26370.4111-0.03750.153-0.09620.1915-0.0365-0.155731.6053-9.6393-3.1478
520.90324.76014.15613.66640.822210.8695-0.0488-0.66071.19380.2344-0.5148-0.0857-0.8004-0.35420.5636-0.00650.0922-0.0082-0.1928-0.0062-0.170244.0159-8.0183-14.8472
66.36721.32351.94116.32360.05935.2941-0.09260.41360.4635-0.3569-0.1668-0.6694-0.2130.18410.2594-0.03830.13630.0661-0.1875-0.0118-0.134850.3826-11.5375-16.6306
726.180914.207-6.937950.535911.97097.6203-0.17951.13660.94421.83430.0428-1.7111-1.96591.260.13670.2799-0.0990.08170.65170.11340.697568.3699-5.7344-18.3344
83.9591-2.4140.18634.8776-0.34343.9396-0.0150.52070.2926-0.6616-0.1451-0.98770.06340.35750.1601-0.01530.0540.0939-0.0508-0.0414-0.051451.6611-15.0666-21.2622
92.3865-0.70491.82868.07524.93789.83850.0149-0.6284-0.62770.2179-0.3217-0.95160.23140.57880.3068-0.08870.15860.05190.00580.04620.404863.0207-24.0822-4.8712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA61 - 1111 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2AA112 - 16152 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3AA162 - 212102 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4AA213 - 221153 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5AA225 - 235165 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6AA236 - 269176 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7AA270 - 275210 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8AA307 - 357247 - 297
9X-RAY DIFFRACTION9AA358 - 382298 - 322

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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