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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3duq | ||||||
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タイトル | E(L212)A, D(L213)A, N(M5)D triple mutant structure of photosynthetic reaction center from Rhodobacter sphaeroides | ||||||
![]() | (Reaction center protein ...) x 3 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / Mutant photosynthetic reaction center / Phenotypic revertant / Proton transfer / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pokkuluri, P.R. / Schiffer, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural description of compensatory mutations that restore proton transfer pathways to the L212A-L213A mutant bacterial reaction center 著者: Pokkuluri, P.R. / Laible, P.D. / Ginell, S.L. / Hanson, D.K. / Schiffer, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1k6nS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that the photosynthetic reaction center is a complex made up of three protein chains (L,M,H) and several co-factors. |
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要素
-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH
#1: タンパク質 | 分子量: 31244.346 Da / 分子数: 1 / 変異: E(L212)A, D(L213)A, N(M5)D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pufL / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35366.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pufM / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: puhA / 発現宿主: ![]() |
-非ポリマー , 8種, 170分子 ![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SPN.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SPN.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-LDA / #8: 化合物 | ChemComp-FE / | #9: 化合物 | ChemComp-SPN / | #10: 化合物 | ChemComp-CDL / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | 溶媒含有率: 78.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Potassium phosphate, LDAO, Heptane triol, Dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 55881 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3899 / % possible all: 77 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1k6n with M5Asn side chain truncated at CB 解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: After refitting, only isotropic B-factor refinement was done with CNS. No positional refinement was done
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
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