PDB-3dtz: Crystal structure of Putative Chlorite dismutase TA0507

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dtz

タイトル

Crystal structure of Putative Chlorite dismutase TA0507

要素

Putative Chlorite dismutase TA0507

キーワード

structural genomics / unknown function / Putatvie Chlorite dismutase TA0507 Thermoplasma acidophilum / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / FORMIC ACID / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Putative Chlorite dismutase TA0507
著者: Chang, C. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dtz.cif.gz	254.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dtz.ent.gz	214.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dtz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dtz_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dtz_full_validation.pdf.gz	489 KB	表示
XML形式データ	3dtz_validation.xml.gz	51.7 KB	表示
CIF形式データ	3dtz_validation.cif.gz	76.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dtz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6xuc-d 6vsa-d 6xub-d 6vsc-d 6oe8-d 5loq-d 6fxq-d 1vax-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7614

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative Chlorite dismutase TA0507

B: Putative Chlorite dismutase TA0507

C: Putative Chlorite dismutase TA0507

D: Putative Chlorite dismutase TA0507

E: Putative Chlorite dismutase TA0507

ヘテロ分子

144 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.403, 135.728, 74.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative Chlorite dismutase TA0507 分子量: 28834.248 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: Ta0507 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q9HKT8
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1032 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 0.1M Tris pH 7.8, 0.2M Ammonium Formate, 18%PEG3350., pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月13日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→50 Å / Num. all: 111997 / Num. obs: 110752 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 20.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 4.52
反射シェル	解像度: 1.81→1.83 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 3.96 / Num. unique all: 2526 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.81→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 4.602 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20591	5538	5 %	RANDOM
R_work	0.16705	-	-	-
all	0.169	110556	-	-
obs	0.169	110556	98.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.053 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	-0.38 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8943	0	9	1032	9984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	9405
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.323	1.963	12792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.693	5	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.402	22.067	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.39	15	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.778	15	95
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	4663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	6665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	915
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.867	1.5	5788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.367	2	9130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.233	3	4214
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.232	4.5	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.809→1.855 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	375	-
R_work	0.224	7303	-
obs	-	7678	93.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5156	-0.0571	0.1835	1.2205	0.4809	0.8262	0.0207	0.1374	0.1083	-0.219	0.0112	-0.0478	-0.2096	0.0435	-0.0319	0.0035	-0.0018	0.0045	-0.0559	0.0354	-0.0411	51.0116	44.2808	54.6039
2	0.9011	-0.1339	-0.0236	0.4325	-0.1893	0.8554	0.032	0.1514	-0.0362	-0.1144	0.0036	0.0166	0.081	0.048	-0.0356	-0.0269	0.0045	0.0044	-0.0293	-0.0297	-0.0629	53.0958	16.5924	52.5734
3	0.6449	0.0932	0.2432	0.4854	0.1201	1.1642	0.0592	-0.0003	-0.1305	0.0702	-0.0165	-0.0185	0.2191	0.1145	-0.0427	-0.0106	0.0235	-0.007	-0.0562	0.003	-0.0456	57.5272	7.3559	78.1545
4	0.6869	-0.1414	0.3733	1.2562	-0.024	0.8416	0.0271	-0.0725	0.0384	0.1261	-0.0322	-0.074	-0.0239	0.0681	0.005	-0.0304	-0.0115	0.0056	-0.0154	-0.0101	-0.0834	59.1265	28.4222	95.2841
5	0.736	-0.016	-0.0035	0.9552	-0.2777	1.0742	-0.0135	-0.0814	0.2234	0.0794	-0.056	-0.0972	-0.2471	0.0402	0.0696	-0.0102	-0.0102	-0.0245	-0.1053	-0.0095	0.0179	54.8897	51.4777	80.4391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 224
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 224
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 224
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 224
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 224

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関連情報:EMDBヘッダ

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