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万見
- PDB-3dt6: Crystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acety... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dt6
タイトルCrystal Structure of Bovin Brain Platelet Activating Factor Acetylhydrolase Covalently Inhibited by Paraoxon
要素Brain Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / PLATELET ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE / PAF-AH IB / ALPHA-1 SUBUNIT / LIS1 / GROUP VIII PHOSPHOLIPASE A2 / 26 kDa / PARAOXON (パラオキソン) / Cytoplasm (細胞質) / Lipid degradation / PLATELET FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet-activating factor acetyltransferase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / 1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid catabolic process / 精子形成 / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIETHYL PHOSPHONATE / Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Epstein, T.M. / Samanta, U. / Bahnson, B.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of brain group-VIII phospholipase A2 in nonaged complexes with the organophosphorus nerve agents soman and sarin.
著者: Epstein, T.M. / Samanta, U. / Kirby, S.D. / Cerasoli, D.M. / Bahnson, B.J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Brain Acetylhydrolase that Inactivates Platelet-Activating Factor is a G-Protein-Like Trimer
著者: Ho, Y.S. / Swenson, L. / Derewenda, U. / Serre, L. / Wei, Y. / Dauter, Z. / Hattori, M. / Adachi, T. / Aoki, J. / Arai, H. / Inoue, K. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2008年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brain Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0252
ポリマ－25,8871
非ポリマー1381
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.270, 81.270, 72.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Brain Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha / PAF acetylhydrolase 29 kDa subunit / PAF-AH 29 kDa subunit / PAF-AH subunit alpha / PAFAH subunit alpha


分子量: 25887.297 Da / 分子数: 1 / 変異: C55S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PAFAH1B3, PAFAHG / 器官: BRAIN脳 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q29460, 1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル


分子量: 138.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O3P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月24日 / 詳細: OSMIC BLUE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→70.36 Å / Num. all: 15253 / Num. obs: 15253 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 28.28
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACOF CCP4I FOR FINAL REFINEMENT精密化
CNS精密化
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
REFMACOF CCP4I FOR FINAL REFINEMENT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WAB

1wab


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.251 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20559 754 5.1 %RANDOM
Rwork0.19926 ---
obs0.19957 13973 89.03 %-
all-13973 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.629 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å2-0.44 Å20 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1609 0 8 82 1699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211662
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.9412275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7845211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.423.97373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26415239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.281
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3671.51088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75321691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5743651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8164.5584
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 64 -
Rwork0.252 912 -
obs--81.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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