PDB-3dss: Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dss

タイトル

Crystal structure of RabGGTase(DELTA LRR; DELTA IG)

要素

Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha
Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta

キーワード

TRANSFERASE / protein prenylation / Metal-binding / Prenyltransferase / Zinc / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / protein geranylgeranyltransferase type II / RAB geranylgeranylation / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / isoprenoid binding / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / small GTPase binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Guo, Z. / Yu, S. / Goody, R.S. / Alexandrov, K. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structures of RabGGTase-substrate/product complexes provide insights into the evolution of protein prenylation
著者: Guo, Z. / Wu, Y.-W. / Das, D. / Delon, C. / Cramer, J. / Yu, S. / Thuns, S. / Lupilova, N. / Waldmann, H. / Brunsveld, L. / Goody, R.S. / Alexandrov, K. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2008年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年8月9日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dss.cif.gz	284.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dss.ent.gz	229.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/3dss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/3dss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dstC 3dsuC 3dsvC 3dswC 3dsxC 1ltxS 3c72 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ehm-d 3c72-d 4gtt-d 3hxd-d 5of0-d 4gtv-d 3dsu-d 3hxc-d 3pz3-d 3hxf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (2) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha

B: Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta

ヘテロ分子

75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.748, 90.628, 114.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha / Geranylgeranyl transferase type II subunit alpha / Rab geranylgeranyltransferase subunit alpha / ...Geranylgeranyl transferase type II subunit alpha / Rab geranylgeranyltransferase subunit alpha / Rab geranyl-geranyltransferase subunit alpha / Rab GG transferase alpha / Rab GGTase alpha 分子量: 38441.598 Da / 分子数: 1 / 断片: PFTA domains, UNP residues 1-237 and 353-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 解説: coexpression of engineered alpha-subunit from pGATEV and beta-subunit from pET3 0a 遺伝子: Rabggta, Ggta / プラスミド: pGATEV and pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) 参照: UniProt: Q08602, protein geranylgeranyltransferase type II
#2: タンパク質	Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Type II protein geranyl- ...Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Type II protein geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab geranylgeranyltransferase subunit beta / Rab geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab GG transferase beta / Rab GGTase beta 分子量: 36892.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 解説: coexpression of engineered alpha-subunit from pGATEV and beta-subunit from pET3 0a 遺伝子: Rabggtb, Ggtb / プラスミド: pGATEV and pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODON-PLUS RIL (DE3) 参照: UniProt: Q08603, protein geranylgeranyltransferase type II
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化	温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 14% (w/v) PEG 3350, 0.2M Ca(OAc)2, 0.1M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 64818 / Num. obs: 64333 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 30 Å² / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 9571 / R_sym value: 0.275 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LTX

1ltx

解像度: 1.8→29.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.356 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; TLS-REFINEMENT WAS USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19383	3214	5 %	RANDOM
R_work	0.14888	-	-	-
obs	0.15108	61099	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.742 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5125	0	3	575	5703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5259
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	1.959	7159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	10990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.19	5	665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.169	24.139	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.566	15	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.436	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5885
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.104	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.134	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.202	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.116	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.157	1.5	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.956	1.5	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.86	2	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.411	3	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.825	4.5	1953

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	225	-
R_work	0.163	4491	-
obs	-	-	99.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8594	-1.192	-0.0581	2.6915	-0.6781	0.5911	-0.1553	-0.2042	0.0365	0.3779	0.1137	0.0445	-0.0927	-0.0122	0.0416	0.0934	0.0204	-0.0114	0.0827	-0.0037	0.0105	19.4664	22.3515	43.1296
2	0.2834	0.0685	0.4771	0.4867	0.8619	1.9891	0.0012	0.0188	-0.0495	-0.0874	0.0273	-0.0512	-0.0513	0.0977	-0.0286	0.0886	-0.0047	0.0106	0.0767	0.006	0.0815	18.8884	3.3883	16.1981
3	1.406	-1.2343	-0.76	1.3038	0.6491	0.4729	0.0661	0.0806	-0.0695	-0.1158	-0.0985	0.0938	-0.0274	-0.0935	0.0324	0.068	-0.0034	-0.019	0.0659	-0.0081	0.0421	0.6566	-0.9832	-7.1091
4	1.0908	-1.1509	-0.5618	1.5661	1.1025	1.0278	-0.3281	-0.158	-0.0551	0.4968	0.1522	0.2535	0.1909	-0.0873	0.1759	0.111	0.0187	0.0481	0.065	-0.0107	0.061	-10.6812	22.424	29.5029
5	0.0783	0.0522	0.0559	0.1861	0.1351	0.137	0.0033	-0.009	0.0071	-0.0154	-0.0148	0.0129	-0.0087	-0.0233	0.0115	0.0912	0.0017	0.0018	0.0831	0.0001	0.0712	8.3666	27.449	17.1068
6	0.8977	-0.0277	-0.0118	1.388	0.2161	0.8095	-0.0348	-0.0089	0.0274	-0.0233	-0.0198	0.0563	0.0086	-0.0818	0.0547	0.0421	0.0139	-0.0171	0.0668	-0.0234	0.0344	-6.82	25.7022	16.1322
7	0.0454	0.0444	0.0324	0.0748	0.0346	0.0382	0.0061	-0.0123	0.0074	0.0029	-0.0072	0.0035	-0.0024	-0.0147	0.0011	0.0908	0.0033	0.0007	0.0868	-0.0023	0.073	8.5578	16.7903	16.3925

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 96	13 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	97 - 244	98 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	245 - 330	246 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	5 - 40	5 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	41 - 259	41 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	260 - 331	260 - 331
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	C	332
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	D	333
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	E	334
10	X-RAY DIFFRACTION	7	A	F	331 - 590
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	F	335 - 649

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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