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万見
- PDB-3dqj: Structure of the Yellow Fluorescent Protein Citrine Frozen at 100... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dqj
タイトルStructure of the Yellow Fluorescent Protein Citrine Frozen at 1000 Atmospheres Number 3: Structure 7 in a Series of 26 High Pressure Structures
要素Green fluorescent protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Yellow Fluorescent Protein / beta barrel / chromophore / fluorescent protein / high pressure / Luminescence / Photoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Barstow, B. / Kim, C.U.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Alteration of citrine structure by hydrostatic pressure explains the accompanying spectral shift.
著者: Barstow, B. / Ando, N. / Kim, C.U. / Gruner, S.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: High-pressure cooling of protein crystals without cryoprotectants.
著者: Kim, C.U. / Kapfer, R. / Gruner, S.M.
履歴
登録2008年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3941
ポリマ－27,3941
非ポリマー00
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.413, 63.122, 71.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 27393.916 Da / 分子数: 1 / 変異: S65G, V68L, Q69M, S72A, T203Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE SER 65 HAS BEEN MUTATED TO GLY 65. RESIDUES GLY 65, TYR 66 AND GLY 67 CONSTITUTE THE ...RESIDUE SER 65 HAS BEEN MUTATED TO GLY 65. RESIDUES GLY 65, TYR 66 AND GLY 67 CONSTITUTE THE CHROMOPHORE CR2 66.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
解説: Crystal structure of the Yellow Fluorescent Protein Citrine frozen at 1000 atmospheres. Structure 7 of 26 in a series of high pressure structures. Crystal was high pressure cryo-cooled at ...解説: Crystal structure of the Yellow Fluorescent Protein Citrine frozen at 1000 atmospheres. Structure 7 of 26 in a series of high pressure structures. Crystal was high pressure cryo-cooled at 1000 atmospheres in helium gas. Crystal temperature was maintained below 100 K prior to data collection at ambient pressure and 100 K. High pressure cryo-cooling procedure is described in secondary citation 1 (Kim et al., Acta Cryst. D61:881-890). Structure referred to as citrine1000_3 in primary citation (Barstow et al.).
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Crystals grown by seeding using a Seed Bead (HR2-320, Hampton Research) in 5% PEG 3350, 50 mM Na Acetate, 50 mM NH4 Acetate, pH 5.0. Crystals were grown at 4 deg C and at ambient pressure, ...詳細: Crystals grown by seeding using a Seed Bead (HR2-320, Hampton Research) in 5% PEG 3350, 50 mM Na Acetate, 50 mM NH4 Acetate, pH 5.0. Crystals were grown at 4 deg C and at ambient pressure, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月6日
放射モノクロメーター: Si(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→39.87 Å / Num. obs: 29403 / % possible obs: 79.3 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル最高解像度: 1.51 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.93 Å39.86 Å
Translation1.93 Å39.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HUY WITH RESIDUE 80 MUTATED TO GLUTAMINE

1huy


解像度: 1.51→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.561 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. This structure is refined slightly differently from the corresponding structure used for analysis in the primary citation (Barstow et ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. This structure is refined slightly differently from the corresponding structure used for analysis in the primary citation (Barstow et al.). However, analysis of the deformation motion of the chromophore under pressure in this sequence of deposited structures produces an identical deformation trend. For copies of the structures as used in the analysis in the primary citation please contact the authors.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29832 1455 5 %RANDOM
Rwork0.22102 ---
obs0.22482 27928 78.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1850 0 0 242 2092
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0221896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.241.9662559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.175228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22625.10992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.11915324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.267156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2890.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9491.51181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13721841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1563828
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5264.5718
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.55 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.827 2 -
Rwork0.578 26 -
obs--1.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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