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万見
- PDB-3dpl: Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dpl
タイトルStructural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation.
要素
  • Cullin-5
  • RING-box protein 1
キーワードLIGASE / ubiquitin / NEDD8 / cullin / Host-virus interaction / Receptor / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Acetylation / Cytoplasm / DNA damage / DNA repair / Metal-binding / Nucleus / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


ERBB2 signaling pathway / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / reelin-mediated signaling pathway / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / regulation of neuron migration ...ERBB2 signaling pathway / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / reelin-mediated signaling pathway / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / regulation of neuron migration / positive regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / protein K11-linked ubiquitination / NEDD8 ligase activity / VCB complex / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / cullin family protein binding / site of DNA damage / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of TORC1 signaling / regulation of cellular response to insulin stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / Regulation of BACH1 activity / T cell activation / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / G1/S transition of mitotic cell cycle / Hedgehog 'on' state / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / DNA Damage Recognition in GG-NER / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / calcium channel activity / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Downregulation of ERBB2 signaling / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Regulation of RAS by GAPs / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Regulation of RUNX2 expression and activity / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / ubiquitin protein ligase activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / MAPK cascade / signaling receptor activity / Neddylation / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / spermatogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Cullin; Chain C, Domain 2 / Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily ...Cullin; Chain C, Domain 2 / Cullin Repeats / 5 helical Cullin repeat like / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Duda, D.M. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Structural insights into NEDD8 activation of cullin-RING ligases: conformational control of conjugation.
著者: Duda, D.M. / Borg, L.A. / Scott, D.C. / Hunt, H.W. / Hammel, M. / Schulman, B.A.
履歴
登録2008年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cullin-5
R: RING-box protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2785
ポリマ－57,0822
非ポリマー1963
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-20.3 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.965, 65.510, 141.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cullin-5 / CUL-5 / Vasopressin-activated calcium-mobilizing receptor / VACM-1


分子量: 44992.199 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 401-780 / 変異: L407E, L439K, V440K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL5, VACM1 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: Q93034
#2: タンパク質 RING-box protein 1 / Rbx1 / Regulator of cullin-1 / RING finger protein 75 / Protein ZYP


分子量: 12089.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / プラスミド: pRSF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P62877
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: 2% PEG 3350, 0.1M HEPES, 0.2M L-proline, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月8日
詳細: CRYOGENICALLY COOLED FIRST CRYSTAL AND SAGITALLY BENT SECOND CRYSTAL HORIZONTALLY FOCUSING
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 18719 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1323701.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 915 5.2 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 17724 95.3 %-
all-17724 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.9498 Å2 / ksol: 0.312432 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.148 Å20 Å20 Å2
2---5.814 Å20 Å2
3----6.334 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.38 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3856 0 3 73 3932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.382
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.4262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 128 5.5 %
Rwork0.352 2186 -
obs--76.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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