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- PDB-3dpk: cFMS tyrosine kinase in complex with a pyridopyrimidinone inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dpk
タイトルcFMS tyrosine kinase in complex with a pyridopyrimidinone inhibitor
要素Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor, Fibroblast growth factor receptor 1
キーワードTRANSFERASE / RECEPTOR TYROSINE KINASE / KINASE-INHIBITOR COMPLEX / ATP-binding / Glycoprotein / Immunoglobulin domain / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Receptor / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase / Craniosynostosis / Disease mutation / Dwarfism / Heparin-binding / Kallmann syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...macrophage colony-stimulating factor receptor activity / forebrain neuron differentiation / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / cell-cell junction maintenance / regulation of macrophage migration / Signaling by FGFR1 amplification mutants / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / diphosphate metabolic process / ventricular zone neuroblast division / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / vitamin D3 metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / receptor-receptor interaction / response to sodium phosphate / auditory receptor cell development / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / microglial cell proliferation / chordate embryonic development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / fibroblast growth factor receptor activity / branching involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of phospholipase activity / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / lung-associated mesenchyme development / olfactory bulb development / FGFR1b ligand binding and activation / mammary gland duct morphogenesis / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / organ induction / FGFR1c ligand binding and activation / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / positive regulation by host of viral process / ruffle organization / cell projection assembly / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / positive regulation of macrophage proliferation / skeletal system morphogenesis / regulation of bone resorption / outer ear morphogenesis / positive regulation of cell motility / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / middle ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / inner ear morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / midbrain development / cardiac muscle cell proliferation / Other interleukin signaling / fibroblast growth factor binding / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cell differentiation / positive regulation of stem cell proliferation / PI-3K cascade:FGFR1 / Formation of paraxial mesoderm / cellular response to cytokine stimulus / regulation of MAPK cascade / cytokine binding / growth factor binding / phosphatidylinositol-mediated signaling / monocyte differentiation / hemopoiesis / macrophage differentiation / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / PI3K Cascade / Transcriptional Regulation by VENTX / epithelial to mesenchymal transition / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / chondrocyte differentiation / calcium ion homeostasis / SHC-mediated cascade:FGFR1 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of chemokine production / cell maturation / FRS-mediated FGFR1 signaling / positive regulation of neuron differentiation / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / osteoclast differentiation / stem cell proliferation / Signal transduction by L1 / axon guidance / skeletal system development
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8C5 / Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor / Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Schubert, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Pyrido[2,3-d]pyrimidin-5-ones: a novel class of antiinflammatory macrophage colony-stimulating factor-1 receptor inhibitors
著者: Huang, H. / Hutta, D.A. / Rinker, J.M. / Hu, H. / Parsons, W.H. / Schubert, C. / DesJarlais, R.L. / Crysler, C.S. / Chaikin, M.A. / Donatelli, R.R. / Chen, Y. / Cheng, D. / Zhou, Z. / Yurkow, ...著者: Huang, H. / Hutta, D.A. / Rinker, J.M. / Hu, H. / Parsons, W.H. / Schubert, C. / DesJarlais, R.L. / Crysler, C.S. / Chaikin, M.A. / Donatelli, R.R. / Chen, Y. / Cheng, D. / Zhou, Z. / Yurkow, E. / Manthey, C.L. / Player, M.R.
履歴
登録2008年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年1月25日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor, Fibroblast growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8435
ポリマ－38,0641
非ポリマー7794
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.950, 80.950, 145.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor, Fibroblast growth factor receptor 1 / CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms / FGFR-1 / Basic fibroblast ...CSF-1 receptor / CSF-1-R / CSF-1R / M-CSF-R / Proto-oncogene c-Fms / FGFR-1 / Basic fibroblast growth factor receptor 1 / BFGFR / bFGF-R-1 / Fms-like tyrosine kinase 2 / FLT-2 / N-sam / Proto-oncogene c-Fgr


分子量: 38064.477 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN
変異: Native kinase insert domain replaced by FGF receptor kinase insert domain
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CSF1R, FGFBR, FGFR1, FLG, FLT2, FMS, BFGFR, CEK, HBGFR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07333, UniProt: P11362, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-8C5 / 8-cyclohexyl-N-methoxy-5-oxo-2-{[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)phenyl]amino}-5,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide


分子量: 490.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34N6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PEG 3350, SODIUM ACETATE, LI2SO4, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月19日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 27585 / Num. obs: 27585 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3289 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2i1m

2i1m


解像度: 1.95→34.1 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Isotropic B-factor refinement for non-hydrogen atoms. Hydrogens were assigned the B-factor of their "parent" atom and one B-factor for all hydrogens was refined, as implemented in phenix
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 2172 9.85 %Random
Rwork0.1862 ---
all0.192 22043 --
obs0.192 22043 85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→34.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2208 0 51 123 2382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.018
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d0.076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4
X-RAY DIFFRACTIONf_planarity_d0.009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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