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- PDB-3dnv: MDT Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dnv
タイトルMDT Protein
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
  • HTH-type transcriptional regulator hipB
  • Protein hipA
キーワードTranscription/DNA / persistence / mdt / DNA-binding / Repressor / Transcription / Transcription regulation / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy process / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / non-specific serine/threonine protein kinase ...dormancy process / toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / non-specific serine/threonine protein kinase / response to antibiotic / protein serine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein serine/threonine kinase activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain ...: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin HipB / Serine/threonine-protein kinase toxin HipA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Molecular mechanisms of HipA-mediated multidrug tolerance and its neutralization by HipB.
著者: Schumacher, M.A. / Piro, K.M. / Xu, W. / Hansen, S. / Lewis, K. / Brennan, R.G.
履歴
登録2008年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年1月11日Group: Other
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年4月5日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein hipA
B: HTH-type transcriptional regulator hipB
T: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,68511
ポリマ－65,9163
非ポリマー7698
水61334
1
A: Protein hipA
B: HTH-type transcriptional regulator hipB
T: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
ヘテロ分子

A: Protein hipA
B: HTH-type transcriptional regulator hipB
T: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,36922
ポリマ－131,8326
非ポリマー1,53716
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
Buried area13910 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area44780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.340, 166.340, 62.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number89
Space group name H-MP422

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要素

#1: タンパク質 Protein hipA


分子量: 49444.496 Da / 分子数: 1 / 変異: D309Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hipA, b1507, JW1500 / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23874
#2: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator hipB


分子量: 10024.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hipB, b1508, JW1501 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23873
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DCP*DTP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DCP*DTP*DTP*DAP*DAP*DGP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DAP*DG)-3')


分子量: 6447.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: tascimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1tascimate11
2tascimate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月12日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→74.3 Å / Num. all: 25017 / Num. obs: 25010 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 64.3 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.68→2.85 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→58.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2700820.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2476 9.9 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 25010 99.5 %-
all-0 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.4561 Å2 / ksol: 0.36344 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.43 Å20 Å20 Å2
2--12.43 Å20 Å2
3----24.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→58.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3838 428 40 34 4340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 383 9.4 %
Rwork0.327 3680 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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