PDB-3dn7: Cyclic nucleotide binding regulatory protein from Cytophaga hutch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dn7

タイトル

Cyclic nucleotide binding regulatory protein from Cytophaga hutchinsonii.

要素

Cyclic nucleotide binding regulatory protein

キーワード

structural genomics / unknown function / APC88869 / Cyclic nucleotide binding regulatory protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Jelly Rolls / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Cyclic nucleotide binding regulatory protein

機能・相同性情報

生物種

Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of cyclic nucleotide binding regulatory protein from Cytophaga hutchinsonii.
著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	3ob1-d 3t9w-d 5mu8-1 2ckh-d 1pnf-d 5an4-d 4xgv-3 2yvp-1 6rlw-5 6nnq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88869

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclic nucleotide binding regulatory protein

B: Cyclic nucleotide binding regulatory protein

ヘテロ分子

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.728, 83.519, 89.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

putative biological unit is the same as asymetric unit

#1: タンパク質	Cyclic nucleotide binding regulatory protein 分子量: 23390.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (バクテリア) 株: ATCC 33406 / 遺伝子: CHU_1942 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q11TQ6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 mM HEPES buffer, 10% PEG 6000, 5 mM cAMP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月14日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→44.9 Å / Num. all: 30873 / Num. obs: 30873 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.559 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique all: 1361 / Χ²: 0.941 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→44.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU B: 4.918 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	1549	5 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
all	0.173	30799	-	-
obs	0.173	30799	98.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.77 Å² / B_iso mean: 31.352 Å² / B_iso min: 20.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2475	0	14	199	2688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.942	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.331	5	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.653	24.014	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.695	15	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.587	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.347	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.174	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.967	1.5	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.492	2	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.559	3	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.805	4.5	1089

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	84	-
R_work	0.24	1873	-
all	-	1957	-
obs	-	1957	86.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8006	4.3605	-3.3426	4.727	-5.9425	13.3505	-0.0432	0.1365	0.2961	-0.0129	0.1258	0.5176	-0.2882	-0.4722	-0.0826	-0.1098	-0.0382	-0.0191	0.044	0.0153	-0.043	2.8614	76.8081	11.1426
2	0.8751	-0.5371	-0.9314	3.5897	0.5944	3.9711	-0.0099	-0.0921	0.1467	0.0868	0.1248	0.4373	-0.3937	-0.0761	-0.115	-0.1253	0.0746	0.0117	0.0049	0.0335	-0.0401	3.2532	86.8325	12.4337
3	6.6846	2.1298	4.1673	1.787	0.1452	3.8596	-0.159	0.3223	0.4338	-0.1006	0.0646	-0.074	-0.2434	-0.0392	0.0943	-0.0313	0.0204	-0.0222	-0.0103	0.0589	-0.1026	17.7419	91.6713	-4.0639
4	0.9728	0.2143	0.2473	0.0557	0.1478	1.0867	-0.0159	0.16	0.113	-0.0538	0.0093	0.0093	-0.0156	-0.0639	0.0066	-0.0628	0.0039	-0.0077	-0.0626	0.0097	-0.0573	20.1143	86.9775	3.2447
5	1.7978	-0.5222	-2.376	2.0211	-0.4946	4.4166	0.1788	-0.291	-0.0052	-0.158	-0.1969	-0.1889	-0.0569	0.3215	0.0182	-0.0354	0.0115	0.0101	-0.0585	0.0252	-0.0803	25.2637	81.7073	-0.5398
6	1.4228	-0.6056	-1.4734	1.3914	1.1214	3.8856	-0.0636	-0.1068	0.0343	0.0518	0.0213	-0.1452	0.0098	0.181	0.0423	-0.0641	-0.0087	-0.0231	-0.078	0.0058	-0.0546	25.85	87.8668	10.2585
7	1.415	0.0928	-0.2142	0.445	-1.3621	4.1731	0.0949	0.146	0.1101	0.0204	0.0784	-0.0011	-0.1444	-0.2199	-0.1733	-0.0669	0.0205	-0.0147	-0.0662	0.0116	-0.0894	14.1995	87.4619	3.0118
8	1.7458	1.1357	-0.7504	7.0926	-1.6716	1.9145	0.0395	-0.1365	0.0754	0.2181	0.0264	0.1595	-0.2402	-0.3041	-0.066	-0.062	0.0467	0.006	-0.0006	-0.0136	-0.092	9.9262	82.9384	20.465
9	0.0343	-0.0721	0.1188	0.1513	-0.2496	0.4116	-0.11	0.0843	0.1071	-0.0348	0.0992	-0.0128	0.1315	-0.0522	0.0109	-0.0374	-0.0002	-0.0035	-0.0351	-0.006	-0.0802	21.1425	71.9279	10.5482
10	74.2221	32.7587	0.2181	14.8934	-4.7155	53.2299	1.3748	1.7978	-2.7946	-1.2225	-0.4926	-0.7762	0.7518	-1.2085	-0.8822	0.3997	0.1081	-0.0883	0.5033	-0.0315	0.2128	33.0578	66.9872	-1.6532
11	8.1551	-2.0425	-2.4137	8.6366	1.5417	4.2339	-0.1247	-0.3791	-0.336	0.7001	0.1053	-0.4267	0.3404	0.1537	0.0194	0.0066	-0.0393	-0.019	-0.0072	-0.0109	-0.0846	25.2214	71.967	33.6561
12	2.0279	-2.7877	0.5819	15.563	0.3052	0.2711	0.0419	-0.1645	0.0201	0.0617	0.1009	-0.2147	0.1541	-0.4297	-0.1428	0.0342	0.0016	0.0486	-0.0272	-0.0011	-0.1452	16.6671	68.8482	36.5344
13	9.5376	-3.1258	-2.0074	2.7576	-0.4657	2.8384	-0.2526	-0.2891	-0.1736	0.0688	-0.0422	-0.2319	0.2194	0.1278	0.2947	-0.0556	0.0073	0.0044	-0.0901	0.0458	-0.0386	31.0964	59.4992	29.0825
14	11.4831	3.1212	8.8953	3.2756	3.0814	8.9614	0.1781	-0.2114	-0.5459	-0.1035	-0.1049	-0.3049	0.3986	0.2095	-0.0733	-0.0886	0.05	0.0431	-0.0876	0.0261	-0.006	36.4817	56.9765	16.3553
15	1.046	0.1962	-0.8771	0.4032	-0.0079	2.0915	0.0253	-0.051	-0.1236	-0.0434	-0.0734	-0.1329	0.0773	0.1617	0.0481	-0.073	0.0194	0.0275	-0.059	0.0106	-0.049	35.2954	64.3184	14.1116
16	2.1482	0.8305	-0.3605	1.8662	1.099	2.5802	-0.0095	0.1113	-0.0119	-0.2272	-0.1654	0.0133	-0.0732	-0.0967	0.175	-0.0534	0.0018	0.0059	-0.0793	-0.0001	-0.0795	28.3326	63.8154	15.1914
17	8.2149	0.5879	0.2007	0.043	-0.0234	1.6185	-0.069	-0.0287	-0.055	0.0282	-0.0326	-0.0649	0.1313	-0.0502	0.1016	-0.0724	-0.016	-0.0036	-0.0914	0.032	-0.0572	26.44	62.0915	24.6371
18	6.3032	-3.9587	-1.4404	10.7256	7.312	5.3119	-0.1173	-0.1014	-0.4646	0.7676	-0.1468	0.4876	0.4796	-0.2221	0.2641	-0.0608	-0.0756	0.0461	0.0428	0.032	-0.0709	12.2165	64.9059	27.427
19	0.913	0.4483	-0.2725	0.5348	-0.5744	0.9968	-0.0701	-0.0837	-0.0005	-0.008	-0.0495	-0.0571	0.0212	-0.0161	0.1196	-0.0571	0.0137	-0.0081	-0.0675	0.0131	-0.0627	22.2492	76.0932	18.5457
20	28.4149	-0.1243	-7.5577	13.3913	-9.9557	27.8729	-0.2987	0.6194	0.4052	-0.7578	0.18	-1.5409	-0.4388	1.9046	0.1187	0.053	-0.0409	0.0214	0.1889	0.0747	0.1622	35.8071	79.8591	3.9307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 16	4 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	17 - 30	20 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	31 - 40	34 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	41 - 60	44 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	61 - 79	64 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	80 - 95	83 - 98
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	96 - 109	99 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	110 - 123	113 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	124 - 141	127 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	142 - 146	145 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	-2 - 13	1 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	14 - 25	17 - 28
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	26 - 33	29 - 36
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	34 - 43	37 - 46
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	44 - 74	47 - 77
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	75 - 98	78 - 101
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	99 - 112	102 - 115
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	113 - 118	116 - 121
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	119 - 139	122 - 142
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	140 - 145	143 - 148

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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