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- PDB-3dmr: STRUCTURE OF DMSO REDUCTASE FROM RHODOBACTER CAPSULATUS AT PH 7.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dmr
タイトルSTRUCTURE OF DMSO REDUCTASE FROM RHODOBACTER CAPSULATUS AT PH 7.0
要素DMSO REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DMSO / MOLYBDOPTERIN / PH 7
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory dimethylsulfoxide reductase / trimethylamine-N-oxide reductase / trimethylamine-N-oxide reductase (cytochrome c) activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Dimethylsulfoxide Reductase; domain 3 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 3 / Molybdopterin guanine dinucleotide-containing S/N-oxide reductase / Molybdopterin oxidoreductase, N-terminal / Trimethylamine-N-oxide reductase-like, molybdopterin-binding domain / Molybdopterin oxidoreductase N-terminal domain / : / Rossmann fold - #740 / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 ...Dimethylsulfoxide Reductase; domain 3 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 3 / Molybdopterin guanine dinucleotide-containing S/N-oxide reductase / Molybdopterin oxidoreductase, N-terminal / Trimethylamine-N-oxide reductase-like, molybdopterin-binding domain / Molybdopterin oxidoreductase N-terminal domain / : / Rossmann fold - #740 / Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2 / Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2 / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 2. / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 3. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OXYGEN ATOM / Chem-PGD / Dimethyl sulfoxide/trimethylamine N-oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE MAPS FROM OXIDISED STRUCTURE (BNL-5270) / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mcalpine, A.S. / Bailey, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1997
タイトル: Molybdenum Active Centre of Dmso Reductase from Rhodobacter Capsulatus: Crystal Structure of the Oxidised Enzyme at 1.82-A Resolution and the Dithionite-Reduced Enzyme at 2.8-A Resolution
著者: Mcalpine, A.S. / Mcewan, A.G. / Shaw, A. / Bailey, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies of Dimethylsulfoxide Reductase from Rhodobacter Capsulatus
著者: Bailey, S. / Mcalpine, A.S. / Duke, E.M.H. / Benson, N. / Mcewan, A.G.
履歴
登録1997年4月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DMSO REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1306
ポリマ－89,5251
非ポリマー1,6055
水8,413467
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.450, 80.450, 229.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DMSO REDUCTASE


分子量: 89524.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 株: H123 / 参照: UniProt: Q52675
#2: 化合物 ChemComp-PGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 738.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O13P2S2
#3: 化合物 ChemComp-6MO / MOLYBDENUM(VI) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#4: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.9 %
解説: DIFFERENCE MAPS PICKED OUT CHANGES FROM OXIDIZED STRUCTURE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1M CITRATE BUFFER, PH 4.8 - 5.2 20 - 3% PEG 4000 20% ETHANOL. CRYSTALS SOAKED IN 0.1M MES. PH 7.0 BEFORE DATA COLLECTION. CRYSTALS WERE SOAKED IN 0.1M MES BUFFER AT PH 7.0 FOR 10 MINUTES BEFORE DATA COLLECTION.
PH範囲: 4.8-5.2
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 5.5 / PH range high: 4.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlenzyme1drop
20.1 Msodium citrate1drop
320 %ethanol1drop
410 %PEG40001drop
525 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 21981 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 76.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 55133 / Rmerge(I) obs: 0.097

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE MAPS FROM OXIDISED STRUCTURE (BNL-5270)
解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: USE OF SINGLE FREE R SET / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1144 5 %EVERY 20TH
Rwork0.181 ---
obs-27981 83.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6422 0 95 467 6984
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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