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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dml | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the periplasmic thioredoxin SoxS from Paracoccus pantotrophus (reduced form) | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / thioredoxin / sulfur oxidation / thiol-disulfide oxidoreductase | ||||||
機能・相同性 | Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Thioredoxin-like fold domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paracoccus denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Carius, Y. / Friedrich, C.G. / Scheidig, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the periplasmic thioredoxin SoxS from Paracoccus pantotrophus indicates a dual Trx/Grx functionality for activation of chemotrophic sulfur oxidation in vivo 著者: Carius, Y. / Rother, D. / Friedrich, C.G. / Scheidig, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dml.cif.gz | 37.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dml.ent.gz | 25 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dml_validation.pdf.gz | 425.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dml_full_validation.pdf.gz | 428.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dml_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dml_validation.cif.gz | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dml | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13315.221 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic domain, UNP residues 32-130 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 株: GB17 / 遺伝子: soxS / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[pREP4] 参照: UniProt: Q8KM22, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M citrate, 0.4M sodium phosphate, 0.4M potassium phosphate, 3% (w/v) glucose, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.95369, 0.97833, 0.97838, 1.0332 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月22日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si[111] / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→20.71 Å / Num. all: 10064 / Num. obs: 9998 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 18.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 30.87 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 6.36 / Num. unique all: 662 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.867 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.168 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.124 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
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