PDB-3dm8: Crystal Structure of Putative Isomerase from Rhodopseudomonas pal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dm8

タイトル

Crystal Structure of Putative Isomerase from Rhodopseudomonas palustris

要素

uncharacterized protein RPA4348

キーワード

structural genomics / unknown function / SIRAS / Putative Isomerase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / DODECYL NONA ETHYLENE GLYCOL ETHER / Nuclear transport factor 2 family protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / SIR/SIRAS / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Cymborowski, M. / Chruszcz, M. / Skarina, T. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Isomerase from Rhodopseudomonas palustris
著者: Cymborowski, M. / Minor, W.

履歴

登録	2008年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dm8.cif.gz	46.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dm8.ent.gz	31.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dm8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dm8_validation.pdf.gz	643.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dm8_full_validation.pdf.gz	643 KB	表示
XML形式データ	3dm8_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	3dm8_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dm8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2g1t-2 4gl0-d 5cc2-d 7age-3 3fv3-3 2fgj-3 5u3s-1 6ll7-2 2ff7-d 3tcp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6271

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: uncharacterized protein RPA4348

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: uncharacterized protein RPA4348

ヘテロ分子

A: uncharacterized protein RPA4348

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.593, 84.071, 97.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-161- HOH
2	1	A-224- HOH

#1: タンパク質	uncharacterized protein RPA4348 分子量: 16360.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 遺伝子: RPA4348 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q6N1Q6
#2: 化合物	ChemComp-CE9 / DODECYL NONA ETHYLENE GLYCOL ETHER / POLYDOCANOL / THESIT / ノナエチレングリコ-ルモノドデシルエ-テル分子量: 582.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₆₂O₁₀
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PEG400 15%, MgCl2 0.2M, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97912 / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.62 Å / Num. all: 15870 / Num. obs: 15870 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 35
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / R_sym value: 0.322 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.4.0069	精密化
HKL-2000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法: SIR/SIRAS / 解像度: 1.8→48.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 4.219 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	790	5 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
all	0.18	15828	-	-
obs	0.18	15828	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1079	0	12	174	1265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	782
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.705	1.947	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.428	3	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.437	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.408	22.143	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.818	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.454	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.001	1.5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.333	1.5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.868	2	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.237	3	447
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.083	4.5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	51	-
R_work	0.193	1058	-
obs	-	-	96.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8018	-0.2005	0.1332	1.2474	0.159	1.843	-0.0246	-0.0331	-0.143	0.0738	-0.0014	0.0333	0.1923	0.1278	0.0261	-0.0298	-0.0007	-0.0006	0.0138	0.002	-0.012	2.031	30.275	36.448
2	11.5955	-5.6667	-4.695	29.7302	0	0	0.1793	-0.1584	0.0838	-0.1157	0.291	1.5039	0.2437	-0.4958	-0.4702	-0.0277	-0.0115	-0.0185	-0.002	0.0384	0.106	1.962	25.879	51.643
3	2.3941	-2.2331	-0.0252	2.1782	-0.4095	1.9679	-0.2277	0.0897	-0.3002	0.1783	0.0606	0.021	0.0952	-0.0379	0.167	-0.0467	0.0006	-0.0005	0.0398	-0.0174	0.1073	1.836	32.606	48.604
4	14.7966	3.9458	0.9187	3.6802	3.1286	4.3582	-0.0673	-0.1274	-0.0207	-0.0426	-0.1678	0.21	-0.0898	-0.4041	0.2352	-0.0722	-0.0045	-0.0234	0.0361	-0.0007	-0.0039	-7.107	37.215	36.288
5	8.2821	-2.9256	5.0272	6.8972	-2.4887	5.7531	-0.1519	0.3598	-0.516	0.2143	0.1323	-0.4065	-0.1286	0.4991	0.0197	-0.0986	0.0096	-0.0119	0.1057	-0.0761	0.0527	15.988	36.616	49.975

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 68	3 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	69 - 74	69 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	75 - 108	75 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	109 - 121	109 - 121
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	122 - 135	122 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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