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万見
- PDB-3dlv: Structures of SRP54 and SRP19, the two proteins assembling the ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dlv
タイトルStructures of SRP54 and SRP19, the two proteins assembling the ribonucleic core of the Signal Recognition Particle from the archaeon Pyrococcus furiosus.
要素Signal recognition particle 19 kDa protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / PROTEIN-RNA / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / Cytoplasm / Ribonucleoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 7S RNA binding
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP19 subunit, archaeal-type / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle 19 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Egea, P.F. / Napetschnig, J. / Walter, P. / Stroud, R.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2008
タイトル: Structures of SRP54 and SRP19, the two proteins that organize the ribonucleic core of the signal recognition particle from Pyrococcus furiosus.
著者: Egea, P.F. / Napetschnig, J. / Walter, P. / Stroud, R.M.
履歴
登録2008年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Signal recognition particle 19 kDa protein
A: Signal recognition particle 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5832
ポリマ－24,5832
非ポリマー00
水1,60389
1
B: Signal recognition particle 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2911
ポリマ－12,2911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Signal recognition particle 19 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2911
ポリマ－12,2911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.316, 116.052, 84.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-175-

HOH

21B-182-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Signal recognition particle 19 kDa protein / SRP19


分子量: 12291.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM3638 / 遺伝子: srp19, PF1894 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) rosetta2 / 参照: UniProt: Q8TZT9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.2-1.3M Na Malonate, 100 mM NaAcetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. all: 14745 / Num. obs: 14745 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1411 / Rsym value: 0.513 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
ELVES精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DUL

3dul


解像度: 1.87→47.8 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.85 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1399 10 %10% OF THE NUMBER OF TOTAL REFLECTIONS
Rwork0.199 ---
obs0.205 13987 94.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.567 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0313 Å20 Å20 Å2
2--1.5372 Å20 Å2
3----3.5685 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1525 0 0 89 1614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8122079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.765613
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.87-1.93790.27571130.21741014101478
1.9379-2.01550.29551330.2027120092
2.0155-2.10720.25811410.18127397
2.7948-3.19910.24241470.2094132498
3.1991-4.03030.26191490.1812133499
4.0303-47.84210.22371560.1903140998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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