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- PDB-3u2a: Adaptor dependent degradation of a cell-cycle regulator reveals d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u2a
タイトルAdaptor dependent degradation of a cell-cycle regulator reveals diversity in substrate architectures
要素GGDEF family protein
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase / proteolysis / cell-cycle / ClpXP / cyclic di-GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / nucleotide binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #310 / : / PdeA-like PAS domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain ...Beta-Lactamase - #310 / : / PdeA-like PAS domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Beta-Lactamase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GGDEF/EAL phosphodiesterase PdeA / GGDEF family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rood, K. / Clark, N.E. / Garman, S.C. / Chien, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Adaptor-dependent degradation of a cell-cycle regulator uses a unique substrate architecture.
著者: Rood, K.L. / Clark, N.E. / Stoddard, P.R. / Garman, S.C. / Chien, P.
履歴
登録2011年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GGDEF family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9791
ポリマ－13,9791
非ポリマー00
水2,774154
1
A: GGDEF family protein

A: GGDEF family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9582
ポリマ－27,9582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area2410 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.799, 41.895, 48.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 GGDEF family protein


分子量: 13978.765 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 2-130 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: NA1000 / 遺伝子: CC3396(PdeA), CC_3396 / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9A310, UniProt: A0A0H3CDG5*PLUS, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate, 8% (w/v) PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年1月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 11481 / % possible obs: 84.1 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.764.20.271130.9
1.76-1.835.50.28155.1
1.83-1.916.60.218187.6
1.91-2.0270.156192.5
2.02-2.1470.112193.3
2.14-2.3170.086194
2.31-2.5470.067195.4
2.54-2.9170.05195.8
2.91-3.6670.035197.2
3.66-506.80.03198.4

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→46.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.57 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20617 561 4.9 %RANDOM
Rwork0.16744 ---
obs0.1693 10920 84.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.237 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数852 0 0 154 1006
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022907
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.9591244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.7285.163123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.85121.540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4415140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4931513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9676574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2958918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1088333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.54212322
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.625 13 -
Rwork0.509 274 -
obs--28.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6546-0.279-0.71162.53120.66633.09620.0065-0.1062-0.17910.0314-0.00650.090.3047-0.22200.1385-0.0263-0.0040.12630.01520.131512.6197.82350.528
20.6521-0.24990.52550.508-0.09491.37150.01790.0170.0232-0.01330.00720.01310.0242-0.0405-0.02510.08860.01060.00490.11140.00090.121513.81616.27833.093
372.9083109.2301-75.9724163.744-111.4984136.24290.67221.4026-3.76331.35121.9421-5.9040.9874-1.4368-2.61430.6357-0.0763-0.34150.0489-0.05920.92314.84624.946.271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2A25 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3A120 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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