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Yorodumi- PDB-1pu7: Crystal structure of H.pylori 3-methyladenine DNA glycosylase (Ma... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1pu7 | ||||||
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Title | Crystal structure of H.pylori 3-methyladenine DNA glycosylase (MagIII) bound to 3,9-dimethyladenine | ||||||
Components | 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Helix-hairpin-helix / 3-Methyladenine / BASE EXCISION REPAIR / GLYCOSYLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.93 Å | ||||||
Authors | Eichman, B.F. / O'Rourke, E.J. / Radicella, J.P. / Ellenberger, T. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2003 Title: Crystal structures of 3-methyladenine DNA glycosylase MagIII and the recognition of alkylated bases Authors: Eichman, B.F. / O'Rourke, E.J. / Radicella, J.P. / Ellenberger, T. #1: Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2000 Title: A NOVEL 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE FROM HELICOBACTER PYLORI DEFINES A NEW CLASS WITHIN THE ENDONUCLEASE III FAMILY OF BASE EXCISION REPAIR GLYCOSYLASES Authors: O'ROURKE, E.J. / CHEVALIER, C. / BOITEUX, S. / LABIGNE, A. / IELPI, L. / RADICELLA, J.P. | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE THE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCES IN THE PDB ENTRY 1PU6 AND IN THE DATABASE REFERENCE ...SEQUENCE THE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCES IN THE PDB ENTRY 1PU6 AND IN THE DATABASE REFERENCE ARE DUE TO THE PARTICULAR H.PYLORI STRAIN. DATABASE REFERENCE REFERS TO H.PYLORI STRAIN J99; MAGIII WAS CLONED FROM H.PYLORI STRAIN 13/5 (SEE REFERENCE 1) |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1pu7.cif.gz | 107.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1pu7.ent.gz | 83.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1pu7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1pu6SC 1pu8C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25218.064 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) / Strain: 13-5 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O25323 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.24 % | |||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: PEG 4000, HEPES, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ / Method: vapor diffusion | |||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: ELLIOTT GX-13 / Wavelength: 1.542 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 3, 2002 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.93→50 Å / Num. all: 35778 / Num. obs: 35778 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.93→2.02 Å / Redundancy: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3327 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 90.3 |
Reflection | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.05 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 90.3 % / Num. unique obs: 3327 / Rmerge(I) obs: 0.299 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1PU6 Resolution: 1.93→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.636 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.151 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.48 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.93→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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