PDB-3dla: X-ray crystal structure of glutamine-dependent NAD+ synthetase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dla

タイトル

X-ray crystal structure of glutamine-dependent NAD+ synthetase from Mycobacterium tuberculosis bound to NaAD+ and DON

要素

Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

キーワード

LIGASE / glutaminase / NAD+ synthetase / ammonia tunneling / enzyme / glutamine-dependent NAD+ synthetase / Glutamine-amido transferase / ATP-binding / NAD / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

LaRonde-LeBlanc, N.A. / Resto, M. / Gerratana, B.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Regulation of active site coupling in glutamine-dependent NAD(+) synthetase.
著者: LaRonde-LeBlanc, N. / Resto, M. / Gerratana, B.

履歴

登録	2008年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3dla.ent.gz	442.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3dla_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dla_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3dla_validation.xml.gz	114.6 KB	表示
CIF形式データ	3dla_validation.cif.gz	162.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/3dla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3szg-1 3syt-1 3sez-1 3seq-1 6ofc-1 3sdb-1 6d8w-d 5urm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

304 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
608 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.130, 178.130, 215.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1055- HOH
2	1	C-959- HOH

#1: タンパク質	Glutamine-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthase [glutamine-hydrolyzing] 分子量: 74855.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: nadE, Rv2438c, MT2513, MTCY428.08 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A5L6, UniProt: P9WJJ3*PLUS, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-DND / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DEAMIDO-NAD+ / 3-(カルボキシラト)-1-[5-O-[(5′-アデニリルオキシ)オキシラトホスフィニル]-β-D-リボフラノシル]ピ(以下略) 分子量: 665.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₆O₁₅P₂
#3: 化合物	ChemComp-ONL / 5-OXO-L-NORLEUCINE / 5-オキソ-L-ノルロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 145.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁NO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 1.8 M ammonium citrate tribasic dihydrate, 5 % glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→29.7 Å / Num. all: 143290 / Num. obs: 142287 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.2 Å² / R_sym value: 0.139
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 5.3 % / Num. unique all: 9636 / R_sym value: 0.56 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→29.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 16.514 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24566	7144	5 %	RANDOM
R_work	0.18439	-	-	-
obs	0.18743	135143	99.4 %	-
all	-	143290	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20221	0	306	1443	21970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	21027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.659	1.969	28557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.02	5	2604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.357	22.588	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.929	15	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.982	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	16201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	11463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	14256
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.264	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.582	1.5	13308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.968	2	20801
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.636	3	8719
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.669	4.5	7756

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	512	-
R_work	0.288	9636	-
obs	-	9636	99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8379	0.2954	-0.036	0.5141	-0.0677	0.2211	0.0087	-0.0694	-0.2088	0.1318	-0.0007	-0.223	0.109	0.0462	-0.008	-0.0405	0.0483	-0.0518	-0.0915	0.0032	-0.0279	112.7198	62.4672	65.5445
2	4.1623	0.157	-0.301	1.9677	0.0908	0.0271	0.0479	-0.203	-0.2121	0.0571	-0.0627	-0.2181	0.0914	0.3037	0.0148	-0.0783	0.095	-0.0701	0.1547	-0.0077	0.1141	157.0266	73.9618	58.4795
3	1.1401	0.3752	-0.178	0.7437	-0.4873	0.7832	0.0016	-0.1948	-0.2058	0.1849	-0.024	-0.4575	0.083	0.1791	0.0224	-0.0542	0.0734	-0.127	0.0118	0.0092	0.1859	137.7546	73.5543	73.6612
4	0.5212	-0.0738	0.1547	0.882	-0.0797	0.2249	-0.0033	-0.0914	0.1158	0.0821	-0.019	-0.231	-0.0247	0.0691	0.0222	-0.0608	-0.0238	-0.0297	-0.025	-0.0263	-0.1396	114.0464	113.3542	68.7945
5	0.9975	-0.5907	0.0653	1.1589	-0.1889	0.322	-0.0662	-0.0459	0.4814	0.1577	0.0094	-0.1668	-0.2332	0.0773	0.0568	0.0935	-0.0782	-0.0904	-0.0784	-0.0338	0.2927	103.5337	157.6126	60.0307
6	0.8091	-0.0496	0.4741	0.9572	0.018	0.8853	-0.049	-0.1785	0.3527	0.1571	-0.0447	-0.0617	-0.1738	0.0302	0.0937	0.019	-0.0397	-0.0546	-0.0567	-0.0895	0.0407	102.0518	138.6989	75.4491
7	0.5474	0.3191	0.1444	1.1632	0.3056	0.265	-0.0313	0.115	0.2566	-0.0896	-0.0232	0.1775	-0.0344	-0.0739	0.0545	-0.0287	0.021	-0.0555	-0.024	0.0053	-0.2581	63.3832	115.1302	41.9282
8	0.5745	0.402	-0.0895	1.1829	0.1952	0.317	-0.0511	-0.0097	0.5237	-0.1243	-0.0066	0.2625	-0.2174	-0.0683	0.0577	0.1038	0.0681	-0.0799	-0.1089	-0.027	0.3804	74.4148	158.9711	55.2875
9	0.7174	0.3398	0.4171	1.1089	0.3091	0.8942	-0.0711	0.1397	0.4559	-0.2264	0.0051	0.0842	-0.1932	-0.0383	0.0659	0.0521	0.031	-0.0731	-0.0619	0.0641	0.0059	75.1941	140.6602	38.4473
10	0.9694	-0.1527	0.1567	0.3439	-0.0683	0.1671	-0.0427	0.1033	0.1931	-0.0931	0.0059	-0.3105	-0.0741	0.0698	0.0367	-0.0311	-0.0255	0.004	-0.0216	-0.0024	-0.1599	114.4101	116.2307	45.3271
11	1.397	-0.5361	-0.0236	0.6002	0.0579	0.2047	-0.0318	0.0858	0.1997	0	0.0109	-0.4286	-0.0542	0.241	0.0209	-0.1046	-0.0527	-0.0445	0.1607	-0.0297	0.3936	158.2745	103.5345	57.2914
12	1.1131	-0.0519	0.1526	0.6091	-0.3125	0.7764	-0.0271	0.2218	0.1119	-0.0808	-0.0104	-0.4067	-0.0566	0.2219	0.0375	-0.0843	-0.0455	0.0552	0.0841	-0.0042	0.1625	140.1222	104.947	40.4057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	407 - 543
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	559 - 679
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	409 - 543
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	557 - 679
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	0 - 402
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	410 - 541
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	559 - 679
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 402
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	410 - 541
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	558 - 679

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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