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- PDB-3dkb: Crystal Structure of A20, 2.5 angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dkb
タイトルCrystal Structure of A20, 2.5 angstrom
要素Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3
キーワードHYDROLASE / OTU domain / DUB domain / Apoptosis / Cytoplasm / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Protease / Thiol protease / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vascular wound healing / negative regulation of toll-like receptor 5 signaling pathway / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / establishment of protein localization to vacuole / tolerance induction to lipopolysaccharide / negative regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of B cell activation / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of chronic inflammatory response ...regulation of vascular wound healing / negative regulation of toll-like receptor 5 signaling pathway / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / establishment of protein localization to vacuole / tolerance induction to lipopolysaccharide / negative regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of CD40 signaling pathway / negative regulation of B cell activation / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of chronic inflammatory response / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / protein K11-linked deubiquitination / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / B-1 B cell homeostasis / protein K48-linked deubiquitination / regulation of defense response to virus by host / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / regulation of germinal center formation / positive regulation of hepatocyte proliferation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / TNFR1-induced proapoptotic signaling / negative regulation of bone resorption / protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of interleukin-2 production / K63-linked deubiquitinase activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / response to muramyl dipeptide / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of Wnt signaling pathway / protein deubiquitination / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoskeleton organization / negative regulation of protein ubiquitination / negative regulation of innate immune response / ubiquitin binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Regulation of TNFR1 signaling / response to molecule of bacterial origin / NOD1/2 Signaling Pathway / negative regulation of inflammatory response / cellular response to hydrogen peroxide / kinase binding / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / Ovarian tumor domain proteases / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / lysosome / inflammatory response / apoptotic process / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor alpha-induced protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lin, S.-C. / Chung, J.Y. / Lo, Y.-C. / Wu, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis for the unique deubiquitinating activity of the NF-kappaB inhibitor A20
著者: Lin, S.-C. / Chung, J.Y. / Lamothe, B. / Rajashankar, K. / Lu, M. / Lo, Y.-C. / Lam, A.Y. / Darnay, B.G. / Wu, H.
履歴
登録2008年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3
B: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3
C: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3
D: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3
E: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3
F: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,0156
ポリマ－274,0156
非ポリマー00
水00
1
A: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6691
ポリマ－45,6691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6691
ポリマ－45,6691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6691
ポリマ－45,6691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6691
ポリマ－45,6691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6691
ポリマ－45,6691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6691
ポリマ－45,6691
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.636, 123.636, 143.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3 / DNA-binding protein A20 / Zinc finger protein A20


分子量: 45669.230 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFAIP3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P21580, 加水分解酵素

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 M ammonium sulfate, 300 mM Na thiocyanate, 5 mM MgSO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1971
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.97922, 0.97942,0.97166,0.98714
シンクロトロンNSLS X4A20.97563
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年1月1日
ADSC QUANTUM 42CCD2005年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979221
20.979421
30.971661
40.987141
50.975631
Reflection冗長度: 6.2 % / Av σ(I) over netI: 7.8 / 数: 320586 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.79 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 51589 / % possible obs: 95.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.245099.810.0361.286.6
4.966.2410010.0631.1236.7
4.334.9610010.0581.0736.7
3.944.3310010.0680.8356.7
3.653.9410010.090.6566.8
3.443.6510010.1350.596.8
3.273.4410010.1930.5166.6
3.123.2799.110.2650.4965.8
33.1289.910.3320.4524.5
2.9361.910.40.443.7
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: h+k,-k,-l / Fraction: 0.476
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 84504 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.202 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.543.90.53341831.06499.7
2.54-2.594.20.47742921.08699.9
2.59-2.644.60.41341751.131100
2.64-2.6950.39242351.143100
2.69-2.755.10.34742351.122100
2.75-2.825.20.30942561.088100
2.82-2.895.30.26642001.103100
2.89-2.965.40.21642391.135100
2.96-3.055.50.17342251.173100
3.05-3.155.60.15242011.204100
3.15-3.265.70.12342431.232100
3.26-3.395.70.09842341.279100
3.39-3.555.70.08342081.302100
3.55-3.735.70.06842051.282100
3.73-3.975.70.06142741.358100
3.97-4.275.80.05142201.293100
4.27-4.75.70.04642251.351100
4.7-5.385.70.04342571.271100
5.38-6.765.70.0442211.099100
6.76-305.50.03541761.16498.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
4
Phasing MADD res high: 3.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.46 / 反射: 15804
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
14 wavelength10.97925.53-7.54
14 wavelength20.97945.8-8.4
14 wavelength30.97173.68-4.01
14 wavelength40.98710.82-4.83
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.8730.7580.1110.387
2Se600.0140.9330.0610.658
3Se600.3720.6020.0530.501
4Se600.5390.0890.1110.409
5Se600.6930.2760.0590.486
6Se600.2150.4370.1070.412
7Se600.8590.870.1310.292
8Se600.8680.8340.0830.613
9Se600.0790.9680.1530.559
10Se600.7490.3120.1510.58
11Se600.8490.9710.0190.261
12Se600.1930.4870.0910.514
13Se50.2840.2030.550.1260.218
14Se600.3980.6270.1560.449
15Se600.4270.6470.1510.418
16Se600.5450.1760.0810.52
17Se600.7170.0180.0450.476
18Se600.1940.3140.1140.455
19Se600.5470.2210.1270.322
20Se600.8680.6430.1190.487
21Se600.520.9810.1110.277
22Se600.5170.1950.1360.311
23Se600.3690.3510.0430.491
24Se600.1480.6280.0020.477
25Se600.4920.2920.0080.596
26Se600.0280.6950.0240.299
27Se600.6440.5860.0590.468
28Se600.0170.2560.0490.303
29Se10.5440.3470.1040.057
30Se56.8560.2310.4630.0440.141
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
11.16-200.58889
7.54-11.160.611355
6.04-7.540.611660
5.18-6.040.531969
4.61-5.180.482175
4.19-4.610.422423
3.87-4.190.362576
3.61-3.870.292757
Phasing dmFOM : 0.74 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.81 / 反射: 15804 / Reflection acentric: 14730 / Reflection centric: 1074
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10-19.9460.850.830.9962753097
6.3-100.840.830.9321561942214
5-6.30.790.780.8526512456195
4.4-50.820.820.8326842516168
3.8-4.40.720.720.7447594501258
3.5-3.80.540.540.5829272785142

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.13位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 7644 9 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs-79018 93.5 %-
溶媒の処理Bsol: 62.028 Å2
原子変位パラメータBiso max: 198.05 Å2 / Biso mean: 69.949 Å2 / Biso min: 6.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.146 Å20 Å20 Å2
2--8.146 Å20 Å2
3----16.291 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17550 0 0 0 17550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.5-2.610.33167840.3235X-RAY DIFFRACTION8190
2.61-2.750.32388380.2929X-RAY DIFFRACTION9246
2.75-2.920.30939440.276X-RAY DIFFRACTION9544
2.92-3.150.27149660.2577X-RAY DIFFRACTION10121
3.15-3.460.2610760.2265X-RAY DIFFRACTION10386
3.46-3.960.234810530.1933X-RAY DIFFRACTION10504
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:protein_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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