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万見
- PDB-3dit: Crystal structure of MAD MH2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dit
タイトルCrystal structure of MAD MH2 domain
要素Protein mothers against dpp
キーワードSIGNALING PROTEIN / MAD / TGF-beta / MH2 / Cytoplasm / Developmental protein / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by BMP / RUNX2 regulates bone development / imaginal disc morphogenesis / R8 cell fate specification / histoblast morphogenesis / negative regulation of salivary gland boundary specification / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / trunk segmentation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / germ-line stem cell division ...Signaling by BMP / RUNX2 regulates bone development / imaginal disc morphogenesis / R8 cell fate specification / histoblast morphogenesis / negative regulation of salivary gland boundary specification / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / trunk segmentation / imaginal disc-derived leg morphogenesis / germ-line stem cell division / compound eye morphogenesis / wing disc anterior/posterior pattern formation / follicle cell of egg chamber development / positive regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / positive regulation of neuromuscular junction development / Ub-specific processing proteases / ventral cord development / heteromeric SMAD protein complex / co-SMAD binding / imaginal disc-derived wing morphogenesis / RNA polymerase II transcription repressor complex / intestinal stem cell homeostasis / germ-line stem cell population maintenance / SMAD protein signal transduction / I-SMAD binding / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / anatomical structure morphogenesis / BMP signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type ...Tumour Suppressor Smad4 - #10 / MAD homology, MH1 / Dwarfin / SMAD MH1 domain superfamily / MAD homology domain 1 (MH1) profile. / SMAD domain, Dwarfin-type / MH2 domain / MAD homology domain 2 (MH2) profile. / Domain B in dwarfin family proteins / MAD homology 1, Dwarfin-type / MH1 domain / Domain A in dwarfin family proteins / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein mothers against dpp
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hao, R. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Structure of Drosophila Mad MH2 domain.
著者: Hao, R. / Chen, L. / Wu, J.W. / Wang, Z.X.
履歴
登録2008年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein mothers against dpp
B: Protein mothers against dpp
C: Protein mothers against dpp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9363
ポリマ－63,9363
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Protein mothers against dpp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3121
ポリマ－21,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein mothers against dpp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3121
ポリマ－21,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein mothers against dpp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3121
ポリマ－21,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.864, 95.864, 66.726
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Protein mothers against dpp


分子量: 21312.010 Da / 分子数: 3 / 断片: MAD MH2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mad, CG12399 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42003
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes, 0.35M Na Formate, 2% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 10156 / Num. obs: 10156 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 4.01 / Num. unique all: 1126 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KHU

1khu


解像度: 3.2→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 509 4.5 %random
Rwork0.244 ---
obs-9604 85 %-
溶媒の処理Bsol: 29.977 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 63.521 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.801 Å2-6.9 Å20 Å2
2--5.801 Å20 Å2
3----11.602 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4458 0 0 90 4548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it01.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it02
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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