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万見
- PDB-3din: Crystal structure of the protein-translocation complex formed by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3din
タイトルCrystal structure of the protein-translocation complex formed by the SecY channel and the SecA ATPase
要素
  • (Preprotein translocase subunit ...) x 3
  • Protein translocase subunit secA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT / protein translocation / ATPase / ATP-binding / Inner membrane / Nucleotide-binding / Transport / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / protein import / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / plasma membrane => GO:0005886 ...protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / protein-transporting ATPase activity / protein import / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / plasma membrane => GO:0005886 / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / membrane => GO:0016020 / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Preprotein translocase SecG subunit / Preprotein translocase SecG subunit / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SecA P-loop domain / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain ...Preprotein translocase SecG subunit / Preprotein translocase SecG subunit / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / SecA P-loop domain / SecA, C-terminal helicase domain / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Helicase conserved C-terminal domain / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Protein-export membrane protein SecG / Protein-export membrane protein SecG / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY / Protein translocase subunit SecA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
Thermotoga sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zimmer, J. / Nam, Y. / Rapoport, T.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of a complex of the ATPase SecA and the protein-translocation channel.
著者: Zimmer, J. / Nam, Y. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2008年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit secA
C: Preprotein translocase subunit SecY
D: Preprotein translocase subunit secE
E: Preprotein translocase subunit SecG
B: Protein translocase subunit secA
F: Preprotein translocase subunit SecY
G: Preprotein translocase subunit secE
H: Preprotein translocase subunit SecG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,90814
ポリマ－328,8738
非ポリマー1,0356
水00
1
A: Protein translocase subunit secA
C: Preprotein translocase subunit SecY
D: Preprotein translocase subunit secE
E: Preprotein translocase subunit SecG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,9547
ポリマ－164,4374
非ポリマー5183
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13040 Å2
ΔGint-93.7 kcal/mol
Surface area68920 Å2
手法PISA
2
B: Protein translocase subunit secA
F: Preprotein translocase subunit SecY
G: Preprotein translocase subunit secE
H: Preprotein translocase subunit SecG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,9547
ポリマ－164,4374
非ポリマー5183
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13100 Å2
ΔGint-94.4 kcal/mol
Surface area68900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.616, 156.003, 358.155
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein translocase subunit secA


分子量: 100643.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: secA, TM_1578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1R4

-
Preprotein translocase subunit ... , 3種, 6分子 CFDGEH

#2: タンパク質 Preprotein translocase subunit SecY


分子量: 48217.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: secY, TM_1480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1I9
#3: タンパク質 Preprotein translocase subunit secE


分子量: 7322.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: secE, TM_0452 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35874
#4: タンパク質 Preprotein translocase subunit SecG


分子量: 8251.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermotoga sp. (バクテリア) / 株: RQ2 / 遺伝子: secG, TRQ2_0456 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1L914, UniProt: A0A0F6AK20*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.5 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 200mM (NH4)2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
1,2,31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.9795
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.9795
シンクロトロンNSLS X29A30.9795
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年8月15日Cryogenically cooled first crystal, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年10月17日Triple striped vertical and horizantal focussing mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry
ADSC QUANTUM 3153CCD2008年2月29日sagitally bent second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Cryogenically cooled double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Cryogenically cooled double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→50 Å / Num. obs: 34733 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 11.6 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 4.5→4.77 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 89.7

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SOLVE位相決定
直接法位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TF2

1tf2


解像度: 4.5→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 3269 10 %RANDOM
Rwork0.279 ---
obs0.279 34733 97.7 %-
all-34733 --
原子変位パラメータBiso mean: 358.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.68 Å20 Å20 Å2
2--13.17 Å20 Å2
3----22.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error1.11 Å1 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a3.22 Å2.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21304 0 64 0 21368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 4.5→4.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.475 475 9.6 %
Rwork0.45 4452 -
obs--88.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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