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万見
- PDB-3dhs: Mapping metal-binding sites in the catalytic domain of bacterial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dhs
タイトルMapping metal-binding sites in the catalytic domain of bacterial RNase P RNA
要素RNase P RNA
キーワードHYDROLASE / RNA / CATALYTIC RNA / RNA PROCESSING
機能・相同性OSMIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 単波長異常分散 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Pace, N.R. / Kazantsev, A.V. / Krivenko, A.A.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2009
タイトル: Mapping metal-binding sites in the catalytic domain of bacterial RNase P RNA
著者: Kazantsev, A.V. / Krivenko, A.A. / Pace, N.R.
履歴
登録2008年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNase P RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,85716
ポリマ－87,0041
非ポリマー2,85315
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.350, 160.010, 133.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: RNA鎖 RNase P RNA


分子量: 87003.711 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription and is naturally found in Bacillus stearothermophilus.
参照: ribonuclease P
#2: 化合物
ChemComp-OS / OSMIUM ION


分子量: 190.230 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.79 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M cacodylate, 0.1 M potassium chloride, 0.02 M magnesium chloride, 0.001 M spermine tetrachloride, 23% 1,6-hexanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate11
2cacodylate12
3potassium chloride11
4potassium chloride12
5magnesium chloride11
6magnesium chloride12
7spermine tetrachloride11
81,6-hexanediol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.1401 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1401 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13.64 % / Av σ(I) over netI: 10.2 / 数: 252493 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1 / D res high: 3.6 Å / D res low: 42.07 Å / Num. obs: 18374 / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
7.7442.07960.0631.0813.1776
6.157.7499.60.0910.8713.84253
5.386.1599.40.1090.8313.57162
4.885.3899.10.1660.9213.48150
4.534.8899.20.2731.0113.67161
4.274.5399.20.4471.0513.71116
4.054.2798.80.6041.0113.8568
3.884.0598.80.6711.0313.870
3.733.8898.50.6911.0613.7449
3.63.7398.60.7141.1713.6689
反射解像度: 3.6→42.07 Å / Num. obs: 18374 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.64 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10.2 / Scaling rejects: 1894
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 13.66 % / Rmerge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. measured all: 24484 / Num. unique all: 1786 / Χ2: 1.17 / % possible all: 98.6

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MRMethod translation: &STRIP%trans_method
Phasing dm shell解像度: 3.6→500.01 Å / Delta phi final: 0.154 / FOM : 0.165 / 反射: 34294

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.6Lデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2a64

2a64


解像度: 3.6→42.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.69 / Data cutoff high absF: 2541105 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC, GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996)
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 2357 6.9 %RANDOM
Rwork0.29 ---
obs-18347 97.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46 Å2 / ksol: 0.1 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 462.91 Å2 / Biso mean: 209.908 Å2 / Biso min: 17.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--40.84 Å20 Å20 Å2
2--2.13 Å20 Å2
3---38.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.81 Å0.71 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.37 Å1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→42.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 4613 15 0 4628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.42
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.6-3.830.5284047.20.47752380.0265642523896.64
3.83-4.120.38963940.373518594.75
4.12-4.540.36174130.3215530496.62
4.54-5.190.32933940.2913538098.21
5.19-6.540.31253990.2653540998.99
6.54-500.010.25343530.2586542197.53
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2OS.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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