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万見
- PDB-3dhr: Crystal Structure Determination of Methemoglobin from Pigeon at 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dhr
タイトルCrystal Structure Determination of Methemoglobin from Pigeon at 2 Angstrom Resolution (Columba livia)
要素
  • Hemoglobin subunit alpha-A
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN STORAGE / OXYGEN TRANSPORT / AVIAN HEMOGLOBIN / METHEMOGLOBIN / TRICLINIC / Heme / Iron / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha-A
類似検索 - 構成要素
生物種Columba livia (カワラバト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Balasubramanian, M. / Ponnuswamy, M.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Purification, Crystallization and X-ray Diffraction Studies of Pigeon Hemoglobin
著者: Sathya Moorthy, P. / Neelagandan, K. / Balasubramanian, M. / Ponnuswamy, M.N.
履歴
登録2008年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Other
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-A
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha-A
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha-A
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha-A
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,81716
ポリマ－125,8858
非ポリマー4,9328
水3,873215
1
A: Hemoglobin subunit alpha-A
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha-A
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4088
ポリマ－62,9434
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Hemoglobin subunit alpha-A
F: Hemoglobin subunit beta
G: Hemoglobin subunit alpha-A
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4088
ポリマ－62,9434
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hemoglobin subunit alpha-A
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7044
ポリマ－31,4712
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
4
C: Hemoglobin subunit alpha-A
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7044
ポリマ－31,4712
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
5
E: Hemoglobin subunit alpha-A
F: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7044
ポリマ－31,4712
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
6
G: Hemoglobin subunit alpha-A
H: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7044
ポリマ－31,4712
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.659, 65.322, 103.733
Angle α, β, γ (deg.)78.78, 89.90, 65.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha-A / Hemoglobin alpha-A chain / Alpha-A-globin


分子量: 15295.683 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Columba livia (カワラバト) / Cell: Red blood cells (RBC) / 参照: UniProt: P21871
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin beta chain / Beta-globin


分子量: 16175.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Columba livia (カワラバト) / Cell: Red blood cells (RBC) / 参照: UniProt: P11342
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 79185 / 冗長度: 1.75 % / Net I/σ(I): 6.83
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.71 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FAW

1faw


解像度: 2→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.346 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27597 7956 10.1 %RANDOM
Rwork0.24334 ---
obs0.24663 71134 91.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8828 0 344 215 9387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9332.05612899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.87751136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79424.027375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.413151500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.561532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.24344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2890.26409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.2262
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3961.55848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.59129072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5234107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.834.53811
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 563 -
Rwork0.303 5125 -
obs--89.49 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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