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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dgv | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of thrombin activatable fibrinolysis inhibitor (TAFI) | |||||||||
要素 | Carboxypeptidase B2 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / blood coagulation / fibrinolysis / carboxypeptidase / protein stability / Glycoprotein / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted / Zymogen | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of Complement cascade / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase U / metallocarboxypeptidase activity / fibrinolysis / blood coagulation / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Anand, K. / Pallares, I. / Valnickova, Z. / Christensen, T. / Schreuder, H. / Enghild, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: The crystal structure of thrombin-activable fibrinolysis inhibitor (TAFI) provides the structural basis for its intrinsic activity and the short half-life of TAFIa. 著者: Anand, K. / Pallares, I. / Valnickova, Z. / Christensen, T. / Vendrell, J. / Wendt, K.U. / Schreuder, H.A. / Enghild, J.J. / Aviles, F.X. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dgv.cif.gz | 282.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dgv.ent.gz | 225.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dgv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dgv_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dgv_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3dgv_validation.xml.gz | 62.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dgv_validation.cif.gz | 90.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/3dgv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1nsaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 46534.797 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2KIG3, carboxypeptidase U |
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-糖 , 6種, 9分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | #5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 1047分子
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.36 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Protein solution: 8 mg/ml protein in 20 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl at pH 7.4. reservoir solution: 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 1.5 M ammonium sulfate, 2% benzamidine. 10 ul sodium malonate was added ...詳細: Protein solution: 8 mg/ml protein in 20 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl at pH 7.4. reservoir solution: 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 1.5 M ammonium sulfate, 2% benzamidine. 10 ul sodium malonate was added to the reservoir the next day after setting up the drop., VAPOR DIFFUSION, Hanging drop, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→90 Å / Num. all: 87561 / Num. obs: 86894 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 32.2 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 29.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 30.4 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 9108 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NSA 解像度: 2.5→19.86 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso max: 160.5 Å2 / Biso mean: 72.26 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.86 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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