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- PDB-3dgp: Crystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dgp
タイトルCrystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal domain of Tfb2
要素
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
キーワードTRANSCRIPTION / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / BETA-ALPHA-BETA SPILT / HETERODIMER / DNA damage / DNA excision / DNA repair / Nucleus / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening ...nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / ATPase activator activity / Dual incision in TC-NER / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2610 / TFB5-like / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 ...Alpha-Beta Plaits - #2610 / TFB5-like / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kainov, D.E. / Cavarelli, J. / Egly, J.M. / Poterszman, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for group A trichothiodystrophy
著者: Kainov, D.E. / Vitorino, M. / Cavarelli, J. / Poterszman, A. / Egly, J.M.
履歴
登録2008年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
B: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5872
ポリマ－17,5872
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-6.6 kcal/mol
Surface area7730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.992, 99.992, 37.262
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 / RNA polymerase II transcription factor B p52 subunit / RNA polymerase II transcription factor B 52 ...RNA polymerase II transcription factor B p52 subunit / RNA polymerase II transcription factor B 52 kDa subunit / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 / TFIIH subunit TFB2


分子量: 9474.843 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB2 / プラスミド: pSKB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02939
#2: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 / TFIIH subunit TFB5


分子量: 8112.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB5 / プラスミド: pSKB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3E7C1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.9
詳細: Tris 20 mM, NaCl 50 mM, pH 8.9, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 20032 / Num. obs: 19737 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 2181 / Rsym value: 0.249 / % possible all: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DNAデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.311 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23708 1006 5.1 %RANDOM
Rwork0.19707 ---
obs0.19905 18822 99.1 %-
all-20032 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.407 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20.56 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----1.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.107 Å0.103 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1017 0 0 126 1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9821383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0535123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30225.30649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80315208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.909155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.220.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9751.5637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6621000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4543439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.954.5383
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 84 -
Rwork0.212 1275 -
obs--91.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5438-0.31460.87610.9405-0.69523.8330.0209-0.0953-0.0998-0.02420.06990.0770.1044-0.2917-0.0908-0.0980.03160.00940.03840.0109-0.080719.50441.796525.9854
21.6168-0.91620.93523.8839-1.97543.3693-0.0647-0.14540.17610.130.08150.0695-0.2532-0.1066-0.0168-0.09150.0488-0.0029-0.002-0.0198-0.060111.753359.485616.1255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA450 - 50817 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 631 - 62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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