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万見
- PDB-3dg3: Crystal structure of muconate lactonizing enzyme from Mucobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dg3
タイトルCrystal structure of muconate lactonizing enzyme from Mucobacterium Smegmatis
要素Muconate cycloisomerase
キーワードISOMERASE / muconate lactonizing enzyme / muconolactone binding
機能・相同性
機能・相同性情報


menaquinone biosynthetic process / catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Muconate cycloisomerase (anti) / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Muconate cycloisomerase (anti) / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Muconate cycloisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sakai, A. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: stereochemically distinct mechanisms in two families of cis,cis-muconate lactonizing enzymes
著者: Sakai, A. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Schnoes, A.M. / Glasner, M.E. / Brown, S. / Rutter, M.E. / Bain, K. / Chang, S. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2008年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年2月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_conn_angle ...citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0442
ポリマ－40,0201
非ポリマー241
水5,368298
1
A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子

A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0884
ポリマ－80,0392
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26170 Å2
手法PISA
2
A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子

A: Muconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0884
ポリマ－80,0392
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.621, 123.621, 117.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1265-

HOH

21A-1296-

HOH

31A-1298-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Muconate cycloisomerase


分子量: 40019.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: MC2 155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0QTN8, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; -
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% 2-propanol, 0.1M MES, 0.2M calcium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25 Å / Num. all: 56648 / Num. obs: 56648 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→24.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2986383.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 2874 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.191 56648 --
obs0.189 56648 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.378 Å2 / ksol: 0.396333 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2709 0 1 298 3008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.931.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.592.5
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 208 5 %
Rwork0.272 3961 -
obs--70.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4&_1_PARAMETER_INFILE_4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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