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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dfn | ||||||
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タイトル | D33N mutant fructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle | ||||||
要素 | Fructose-bisphosphate aldolase A | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / aldolase / mutant (ミュータント (人類)) / Acetylation (アセチル化) / Glycolysis (解糖系) / Phosphoprotein / Schiff base (シッフ塩基) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | St-Jean, M. / Sygusch, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase 著者: St-Jean, M. / Blonski, C. / Sygusch, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dfn.cif.gz | 329.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dfn.ent.gz | 261.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dfn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/3dfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/3dfn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39262.688 Da / 分子数: 4 / 変異: D33N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ALDOA / プラスミド: pPB14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 SI / 参照: UniProt: P00883, fructose-bisphosphate aldolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.36 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: sodium HEPES, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 121528 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 7936 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 59.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1ZAH 解像度: 1.86→44.07 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→44.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.94 Å
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