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万見
- PDB-3dfl: Crystal structure of human Prostasin complexed to 4-guanidinobenz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dfl
タイトルCrystal structure of human Prostasin complexed to 4-guanidinobenzoic acid
要素Prostasin
キーワードHYDROLASE / prostasin / serine protease / Glycoprotein / Membrane / Secreted / Transmembrane / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the cornified envelope / positive regulation of sodium ion transport / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-carbamimidamidobenzoic acid / Prostasin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Su, H.P. / Rickert, K.W. / Darke, P.L. / Munshi, S.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of human prostasin, a target for the regulation of hypertension.
著者: Rickert, K.W. / Kelley, P. / Byrne, N.J. / Diehl, R.E. / Hall, D.L. / Montalvo, A.M. / Reid, J.C. / Shipman, J.M. / Thomas, B.W. / Munshi, S.K. / Darke, P.L. / Su, H.P.
履歴
登録2008年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02021年10月20日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostasin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5682
ポリマ－28,3891
非ポリマー1791
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.498, 54.846, 83.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Prostasin / Serine protease 8


分子量: 28388.748 Da / 分子数: 1
断片: Serine protease domain of prostasin heavy chain: Residues 45-289
変異: C154S, C203A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRSS8 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q16651, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-GBS / 4-carbamimidamidobenzoic acid / Nafamostat, bound form / 4-グアニジノ安息香酸


分子量: 179.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O2
コメント: 抗がん剤, 抗凝固剤, 抗ウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.8
詳細: 100mM Bis-Tris pH 5.8, 21-26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 17151 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.074.30.33716831.03599.9
2.07-2.154.30.27216761.041100
2.15-2.254.30.22816921.032100
2.25-2.374.30.18916891.009100
2.37-2.524.40.16216891.045100
2.52-2.714.30.12717011.019100
2.71-2.994.40.09317170.987100
2.99-3.424.40.0617281.014100
3.42-4.314.30.03417481.007100
4.31-504.10.0318281.00498.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→45.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.873 / SU B: 3.393 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 870 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.176 17106 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.86 Å2 / Biso mean: 18.038 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1859 0 12 270 2141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1641.9562640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9315244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.9524.61578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86815284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.494156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21293
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.51248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07521961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4573799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4054.5679
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 67 -
Rwork0.197 1168 -
all-1235 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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