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万見
- PDB-3deu: Crystal structure of transcription regulatory protein slyA from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3deu
タイトルCrystal structure of transcription regulatory protein slyA from Salmonella typhimurium in complex with salicylate ligands
要素Transcriptional regulator slyA
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / SlyA / MarR / salmonella / wing-helix / Activator / DNA-binding / Repressor / Transcription regulation / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator, SlyA / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transcriptional regulator, SlyA / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXYBENZOIC ACID / Transcriptional regulator SlyA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Le Trong, I. / Brzovic, P.S. / Fang, F.C. / Libby, S.J. / Stenkamp, R.E.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: The Evolution of SlyA/RovA Transcription Factors from Repressors to Countersilencers in Enterobacteriaceae .
著者: Will, W.R. / Brzovic, P. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Lawrenz, M.B. / Karlinsey, J.E. / Navarre, W.W. / Main-Hester, K. / Miller, V.L. / Libby, S.J. / Fang, F.C.
履歴
登録2008年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年6月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator slyA
B: Transcriptional regulator slyA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1018
ポリマ－38,2722
非ポリマー8296
水34219
1
A: Transcriptional regulator slyA
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator slyA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1018
ポリマ－38,2722
非ポリマー8296
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-35.8 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator slyA
ヘテロ分子

B: Transcriptional regulator slyA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1018
ポリマ－38,2722
非ポリマー8296
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-35.5 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.382, 78.019, 84.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator slyA / Salmolysin / Cytolysin slyA


分子量: 19136.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: SGSG 2262 / 遺伝子: slyA, STM1444 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40676
#2: 化合物
ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG 300, 10% Glycerol, 0.1 M Phosphate/citrate buffer pH 4.2, 0.2 M Ammonium sulfate, 50 mM Sodium salicylate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.3776 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月3日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 27988 / Num. obs: 27988 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 51.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 2583 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FBH

2fbh


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.186 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 928 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.229 18739 --
obs0.229 18739 97.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.27 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----4.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2110 0 60 19 2189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9862.0252964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0133735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.6395258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86524.72591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.715441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6391516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5231.51309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.831.5518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.35422129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.663889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.8694.5835
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 58 -
Rwork0.267 1275 -
all-1333 -
obs--97.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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