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- PDB-3ddv: The crystal structure of the transcriptional regulator (GntR fami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ddv
タイトルThe crystal structure of the transcriptional regulator (GntR family) from Enterococcus faecalis V583
要素Transcriptional regulator (GntR family)
キーワードtranscription regulator / Transcriptional regulator (GntR family / Structure genomics / PSI2 / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / : / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. ...UTRA / UbiC transcription regulator-associated / UTRA domain / : / Chorismate lyase / Chorismate lyase-like / Chorismate pyruvate-lyase/UbiC transcription regulator-associated domain superfamily / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, GntR family
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Zhang, R. / Zhou, M. / Bargassa, M. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the transcriptional regulator (GntR family) from Enterococcus faecalis V583
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Bargassa, M. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (GntR family)
B: Transcriptional regulator (GntR family)
C: Transcriptional regulator (GntR family)
D: Transcriptional regulator (GntR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4637
ポリマ－66,3914
非ポリマー733
水1,15364
1
A: Transcriptional regulator (GntR family)
B: Transcriptional regulator (GntR family)
ヘテロ分子

C: Transcriptional regulator (GntR family)
D: Transcriptional regulator (GntR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4637
ポリマ－66,3914
非ポリマー733
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_565x-y,-y+1,-z+1/31
Buried area6720 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25200 Å2
手法PISA
2
A: Transcriptional regulator (GntR family)
B: Transcriptional regulator (GntR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2444
ポリマ－33,1952
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
3
C: Transcriptional regulator (GntR family)
D: Transcriptional regulator (GntR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2203
ポリマ－33,1952
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.153, 86.153, 240.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細This protein existed as dimer. The deposited MolA/MolB and MolC/MolD are two dimers in the asymmtric unit.

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator (GntR family)


分子量: 16597.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: GI:29343357 / プラスミド: PDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q835P8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, 2M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→80.06 Å / Num. all: 29406 / Num. obs: 28847 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 47.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 2253 / % possible all: 75.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→80.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 21.355 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.262
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25115 1529 5 %RANDOM
Rwork0.20609 ---
obs0.20828 28847 98.1 %-
all-29406 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→80.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4185 0 3 64 4252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224273
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0081.9665759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02137280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3795512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18323.239213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.69515756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.321538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02928
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.23221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2020.22112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.22563
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2210.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3860.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1651.53241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1561.51034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42924177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06331968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0644.51582
LS精密化 シェル解像度: 2.649→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 83 -
Rwork0.38 1622 -
obs-1705 75.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.549 Å / Origin y: 28.111 Å / Origin z: 36.145 Å
111213212223313233
T-0.2257 Å20.0054 Å2-0.0203 Å2-0.3714 Å2-0.0188 Å2---0.0185 Å2
L0.2291 °2-0.1819 °20.6752 °2-0.7648 °2-0.2487 °2--2.1234 °2
S0.1845 Å °0.0489 Å °-0.0817 Å °-0.0133 Å °-0.0626 Å °0.0509 Å °0.1112 Å °-0.0193 Å °-0.1218 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 145
2X-RAY DIFFRACTION1B7 - 145
3X-RAY DIFFRACTION1C5 - 145
4X-RAY DIFFRACTION1D7 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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