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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ddv | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the transcriptional regulator (GntR family) from Enterococcus faecalis V583 | ||||||
要素 | Transcriptional regulator (GntR family) | ||||||
キーワード | transcription regulator / Transcriptional regulator (GntR family / Structure genomics / PSI2 / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Zhou, M. / Bargassa, M. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of the transcriptional regulator (GntR family) from Enterococcus faecalis V583 著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Bargassa, M. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ddv.cif.gz | 112.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ddv.ent.gz | 89.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ddv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ddv_validation.pdf.gz | 451.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ddv_full_validation.pdf.gz | 463.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ddv_validation.xml.gz | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ddv_validation.cif.gz | 29.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/3ddv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/3ddv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | This protein existed as dimer. The deposited MolA/MolB and MolC/MolD are two dimers in the asymmtric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16597.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: GI:29343357 / プラスミド: PDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q835P8*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris, 2M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→80.06 Å / Num. all: 29406 / Num. obs: 28847 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 47.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.718 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 2253 / % possible all: 75.68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→80.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 21.355 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.262 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.144 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→80.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.649→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 41.549 Å / Origin y: 28.111 Å / Origin z: 36.145 Å
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精密化 TLSグループ |
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