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- PDB-3ddn: Crystal structure of hydroxypyruvic acid phosphate bound D-3-phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ddn
タイトルCrystal structure of hydroxypyruvic acid phosphate bound D-3-phosphoglycerate dehydrogenase in mycobacterium tuberculosis
要素D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / phosphoglycerate dehydrogenase / serine biosynthesis / Amino-acid biosynthesis / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxoglutarate reductase / phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / L-serine biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / NAD binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-3-phosphoglycerate dehydrogenase; domain 3 / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase, ASB domain / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase intervening domain / Allosteric substrate binding domain superfamily / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. ...D-3-phosphoglycerate dehydrogenase; domain 3 / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase, ASB domain / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase intervening domain / Allosteric substrate binding domain superfamily / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / ACT domain profile. / ACT domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / ACT-like domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxo-3-(phosphonooxy)propanoic acid / L(+)-TARTARIC ACID / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase / D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 精密化 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dey, S. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of substrate and effector binding in Mycobacterium tuberculosis D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
著者: Dey, S. / Burton, R.L. / Grant, G.A. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2008年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7826
ポリマ－109,1482
非ポリマー6344
水2,972165
1
A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,56412
ポリマ－218,2954
非ポリマー1,2698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area19150 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area77980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.601, 165.601, 218.299
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 D-3-phosphoglycerate dehydrogenase / PGDH


分子量: 54573.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: serA1 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A544, UniProt: P9WNX3*PLUS, phosphoglycerate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-HPV / 2-oxo-3-(phosphonooxy)propanoic acid / Hydroxypyruvic acid phosphate / 3-(ホスホノオキシ)ピルビン酸


分子量: 184.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium potassium tartrate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.8 Å / Num. obs: 69375 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.6 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 22.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
XFITデータ削減
精密化構造決定の手法: 精密化
開始モデル: 1YGY

1ygy


解像度: 2.4→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 13.866 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24399 3485 5 %RANDOM
Rwork0.20376 ---
obs0.20579 65806 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.123 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.86 Å21.43 Å20 Å2
2--2.86 Å20 Å2
3----4.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7659 0 41 165 7865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.98310695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg51049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.281299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg151215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.21331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.025857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.33586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.55366
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.5612
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it55281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it78360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it92715
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it112335
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 240 -
Rwork0.258 4764 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02650.0555-0.07450.28830.24911.16390.0106-0.0685-0.07770.0728-0.02720.01820.299-0.16770.0167-0.07120.0253-0.0035-0.0510.0006-0.016529.81954.990624.3564
20.50110.04450.05560.7834-0.0161.0674-0.01280.1076-0.0278-0.1450.03580.07010.1204-0.1514-0.023-0.15610.06320.0106-0.0597-0.0357-0.088425.219361.133-21.513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 5293 - 528
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 5293 - 528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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